配列検索 (Explore Sequences)

BLAST 検索機能を使用すると，類似性の高い核酸やタンパク質の配列情報を検索し，それらを報告する特許や雑誌論文の情報が得られます．

配列検索オプションを選択します．ここでは例として Similar Sequences をクリックします．

• 必要なオプションを選択します．

  次のような検索をする際は....	このオプションをクリック
  配列	該当するクラスを選択
  CAS 登録番号または GenBank 番号	Similar Sequences using Sequence Identifier

• 過去の BLAST の回答の表示，名称変更，削除，Keep Me Posted の設定は，Results Set Manager をクリックします．

＊注記：Fast BLAST は同じセッション内で配列による検索を既に行った場合にのみ可能です．

回答セットに名前を付けます．次に入力ボックスに配列をコピー／貼り付けするか，Read from File をクリックしてファイルから配列をインポートします．OK をクリックします．

• SciFinder では，さまざまな入力形式に対応します：Standard GCG，FASTA，ASCll text，SciFinder 形式が使用可能です．数字，スペース，およびその他のデータは無視されます．
• Recall Sequenceボタンは，同じセッション内で配列による検索を既に行っている場合に有効になります．このオプションを使用して以前に行った配列検索を呼び出すと，すでに実行した検索と同一の条件ですばやく検索できます．

SciFinder でどのようにして配列を検索するかを指定します．

BLAST アルゴリズムを選択します．ここでは例としてBLASTp (アミノ酸配列コードから類似する配列をもつタンパク質を検索) をクリックします．

データベース全体あるいは報告している文献タイプの限定を指定します．

• ［Referenced in at least one patent document] を選択すると，少なくとも一つの特許に収録されている配列についてのみ検索します．
  
  ＊注記：配列は特許だけでなくほかの文献タイプに参照されている可能性もあります．配列またはグループ配列の Get References を後で実行した際に，さまざまなタイプの文献が得られる可能性があります．
• 短い配列質問式を検索し，同様の長さの回答が欲しいときは，[Only retrieve sequences with 50 residues or less] を選択します．これにより，長い配列の一部に含まれているような回答は除かれます．

検索パラメータを設定します．回答件数の最大値を 1 から 1000 の間で設定できます．OKをクリックします．

• SciFinder の BLAST のデフォルト設定を表示するには，Show Additional Optionsを選択します．
  
  ＊注記：デフォルトの設定は通常の BLAST 検索において適切な設定です．ただし，BLAST 検索オプションを使い慣れている場合は設定の変更もできます．各設定の詳細については，SciFinder ヘルプファイルを参照してください．

検索が完了したら，Result Set Manager の Status 覧に Complete が表示されます．結果を選び，View Results をクリックします．

• 結果を並べ替えるには列の見出しをクリックします．順番を逆に並べ替えるには列の見出しをもう一度クリックします．
  
  ＊注記：現在の並べ替えフィールドと方向が列の見出しに矢印で表示されます．
• 列の位置を変えるには，新しい場所に列の見出しをクリックしてドラッグします．
• 結果を右クリックすると実行可能なオプションが表示されます．

Sequence Explore Result が表示されます．対応する論文や特許文献を検索するには，興味ある配列を選択し，Get References をクリックします．

次をクリックすると...	以下のようになります...
Alignment Scores ボタン	該当するスコアレンジ内の配列が選択されます． 注記：［Alignment Details］エリアで選択された配列のボックスがチェックされます．
Alignment Summary バー	［Alignment Details］リストの特定の配列に移動します． 注記：バーの上にポインタを持ってくると，配列名が表示されます．
「+」ボタン	配列の［Alignment Details］を表示します．(長さ，スコア，質問式と回答のアライメントなど)
「(箱型)」ボタン	グループの詳細表示/コンパクト表示を切り替えます．
配列名／CAS 登録番号のリンク	配列の詳細を表示します．
チェックボックス	配列を選択します．

ここでは例として， 「+」と「(箱型)」ボタンをクリックして，グループの詳細やアライメントを表示します．

関連する文献情報を検索する際は，Get references をクリックします．必要に応じて，検索したい文献タイプを指定します．OK をクリックします．

• 配列構造に関連する特定の文献 (活性，疾病，その他の関連性) も含めて検索する場合は，下部にあるチェックボックスを選択します．

配列について述べている文献が表示されます．特定の文献の詳細を表示するには，その文献についている顕微鏡ボタンをクリックします．