協会案内 製品とサービス 講習会 イベント 資料請求

結晶構造スペクトルデータベース

結晶構造,スペクトルなど化学に関する各種データベースをお届けしています.

製品とサービスのトップへ

CSD (ケンブリッジ結晶構造データベース)

   

図1

CSD は,X 線または中性子線回折で解析した有機化合物・有機金属化合物の結晶構造のデータベースです.世界最大の分子性結晶構造データベースとして結晶学,分子設計の分野等に広く活用されています.書誌情報,分子構造,結晶構造の検索ソフトの他,結晶構造表示,データ解析ソフトも付いています.オプションとして SDfile 版と UNITY 版も配布しております.

大学・教育機関向けには,大阪大学蛋白質研究所が配布しております.

CSD (ケンブリッジ結晶構造データベース) の概要
Cambridge Structural Database: CSD
製作 ケンブリッジ結晶学データセンター (Cambridge Crystallographic Data Centre : CCDC,英)
内容 化合物の名称・分子式, 二次元構造図,結合表,三次元原子座標,結晶学データ,書誌事項,実験条件
件数 680,000 件 (1965〜) (2014 Release)
更新 年約 5 万件,年 1 回 DVD 頒布.定期的に追加データをダウンロード
頒布形態 DVD (検索・表示ソフト付)
使用可能機種 Windows (32 ビット版) XP/Vista/7/8
Linux (32 ビット版)
   - RedHat Enterprise 5, 6
   - SuSE Linux Enterprise [Desktop|Server] 11
   - Debian 5, 6
   - CentOS 5, 6
Mac OS X 10,6, 10.7, 10.8
契約形態 年間定額 (4 月〜 3 月)
● 詳細はこちらをご覧ください.
CSD (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

(以下から構成されるパッケージとして提供)
ConQuest: CSD System を検索・表示するためのソフト
Mercury: 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
IsoStar: Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul: Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
PreQuest: In-house database を CSD format に変換するためのソフト
WebCSD: Web インターフェースで使える CSD

CSD (ケンブリッジ結晶構造データベース) のオプション

(別料金)
SuperStar: 実験値に基づくタンパク質-リガンド相互作用を予測するためのツール
Solid Form Module: 水素結合に注目した knowledge base の結晶多形リスクアセスメントツール

ConQuest
ConQuest は,ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD) の検索用プログラムです.各種テキスト・数値検索の他,下記のような構造検索機能が備わっています:

  • 部分構造検索
  • 分子内ジオメトリー情報による検索
  • 分子間非結合接触の検索

ConQuest の特徴:

  • 使い易い化学構造作図機能および幾何学的パラメータの定義機能
  • 検索質問式の簡単な組み立て機能
  • 検索実行中も可能な,検索結果の会話型ブラウジング
  • 各種の出力ファイル形式 (CIF,PDB,MOL2,SHELX 等)
  • ヘルプ機能,マニュアル,検索例題付き

Mercury
Mercury は,結晶構造を表示するのに最適なソフトです.対称操作に基づき,簡単にパッキングが表示でき,分子間相互作用を表示することも可能です.CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています.機能を制限した version は,無料でお使いいただけます.

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です.ConQuest で 3D パラメータを定義すると,検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます.ヒストグラム,分布図,ポーラプロットを作成することができ,成分分析や相関解析を行うことができます.

IsoStar
IsoStar は,実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値含む).ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています.

IsoStar の特徴:

  • CSD と PDB から抽出される非結合接触情報
  • 接触グループ,中心グループを選ぶためのウェブブラウザによるフロントエンド
  • Rasmol による分布プロット表示
  • ユーザーの定義したレベルによる等密度線表示
  • CSD および PDB の元データへのハイパーリンク

Mogul
Mogul は,実験地に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです.CSD のデータを基に結合距離,結合角度,ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます.構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です.

PreQuest
PreQuest は,データ変換用プログラムです.お手持ちの結晶構造データを CIF, SHELX, SD-files, MOL2 など一般的なフォーマットから CSD の検索ソフトである ConQuest で検索可能なフォーマットへ変換します.

SuperStar
SuperStar は,リガンド分子がタンパク質のどの部位と相互作用を持つかを予測するプログラムです.IsoStar に含まれる Knowledge base の分子間相互作用の情報を利用しタンパク質結合サイトの相互作用マップを作成します.

SuperStar の特徴:

  • 簡単なマップ作成 (結合サイトあたり約 1 分)
  • CSD のデータのみの表示,または PDB のデータを含む表示が選択可能
  • 完全に実験的データに基づく新しい方法
  • 金属に配位した系にも対応
  • キャビティ検出
  • プローブは,CSD 14, PDB 6 から選択可能
  • PDB の 300 以上のタンパク質−リガンド複合体を使った評価
  • SYBYL のインターフェイス使用可能
  • コマンドラインでの使用も可能
大学の方へのご案内

大学・教育機関向け CSD は,大阪大学蛋白質研究所が配布しております.アカデミック・ライセンスについてのお問い合わせ,お申し込みは下記へお願いいたします.

〒565-0871
吹田市山田丘3−2
大阪大学蛋白質研究所
附属蛋白質解析先端研究センター
蛋白質データベース開発研究室系
行俊 奈津子 (ゆきとし なつこ) 様
TEL : 06-6879-4311
FAX : 06-6879-8636

(大阪大学蛋白質研究所)
まずは,こちらをご覧下さい.