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Relibase+ (タンパク質 - リガンド・複合体検索ソフト) |
Relibase+ (レリベース・プラス) は，PDB (Protein Data Bank) の結晶構造を検索する Web ベースの Relibase (レリベース) の改良版です．データベースと検索・表示ソフトを提供します．Confidential search やカスタマイズした検索が可能です．
Relibase+ (タンパク質 - リガンド・複合体検索ソフト) の概要
| 製作 | ケンブリッジ結晶学データセンター (Cambridge Crystallographic Data Centre: CCDC) (英) | |
| 頒布形態 | USB ハードディスク | |
| 使用可能機種 | サーバー側 | Linux (32 ビット版) - RedHat Enterprise 3, 4, 5 - SuSE Linux Enterprise [Desktop|Server] 10 - Debian 4.0 115 GB ハードディスク, 2 GB 以上の RAM, 2 GB のスワップ領域を推奨 |
| クライアント側 (Hermes 使用) |
Windows (32 ビット版) 2000/XP/Vista/7 Linux (32 および 64 ビット版) - RedHat Enterprise 4, 5 - SuSE Linux Enterprise [Desktop|Server] 10 - Debian 4.0, 5.0 |
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| 契約形態 | ライセンス契約 (保守契約あり，大学割引あり) | |
● 詳細はこちら をご覧ください．
Relibase+ (タンパク質 - リガンド・複合体検索ソフト) の特徴
- 標準的な Relibase の機能に加え，3D タンパク質-タンパク質相互作用の検索が可能
- 類似のキャビティー検索
- Python を使ったコマンドラインでの検索
- 結晶内での水分子の構造情報
- 構造の重ね合わせ表示
- 検索結果の保存
- 外部に接続せずに，ローカルでの検索が可能
- In-house のデータベース追加可能
Relibase とは
Relibase (レリベース)とは，Manfred Hendlich (独) によって書かれたよく知られたプログラムで，Web ベースのインターフェイスにより，Protein Data Bank (PDB) 中のタンパク質-リガンド複合体の構造検索を簡単に行うことができます．CCDC は Manfred Hendlich および Marburg 大学 (独) と Relibase の配布および開発の推進で協力しています．有料で配布しております Relibase+ (レリベース・プラス) は，Relibase を元に開発しております．Relibase は機能に制限がありますが，アカデミックの方へ無料で公開中です．
- 直感的な Web ベースのユーザーインターフェイス
- 高速のデータベース検索エンジン
- 標準的なテキスト，2D 部分構造，3D タンパク質−リガンド相互作用検索
- リガンドの類似検索
- リガンドの結合様式，水の位置，リガンドにより引き起こされるコンフォーメーションの変化等を比較するための関連結合部位の自動的な重ね合わせ
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