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2018 年 10 月 2 日 (火) STN 関連
STNext - アライメント付き BLAST レポートが作成可能に

STNext は Classic STN のすべてのコンテンツにアクセスできる Web インターフェースです.

このたび,CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアがバージョンアップされ,アライメント付き BLAST レポートを作成できるようになりました.アライメントは,配列質問式と回答の配列の一致部分を並べて表示したもので,ホモロジー検索の類似配列の確認に役立ちます.

◆ CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアのインストール

2018/9/27 以前に STNext の CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアをインストールしていた場合は,お手数ですが,2018/9/27以前のソフトウェアをアンインストール後に,新しいソフトウェアをインストールしてください.

インストール方法

1. こちらに接続し,STN の ID とパスワードを入力後,「Login」 ボタンをクリックします.
2.「Download」 ボタンをクリックし,ダウンロードソフトウェア (.exe ファイル) を保存します.
3. ダウンロードした .exe ファイルを実行してインストールします.

◆ アライメント付き BLAST レポートの作成方法

REGISTRY ファイルの BLAST ホモロジー検索は,独立したソフトウェアで行います.
このたびの強化で追加されたアライメント付き BLAST レポートを作成するには,REGISTRY BLAST ホモロジー検索で得られた配列を STNext へ移行する際に,Script とアライメントデータを保存する必要があります.

REGISTRY BLAST での Script とアライメントデータの保存方法


* 下記のページ数は,核酸・タンパク質配列検索テキストの資料内のページ数です.

1. テキスト p.43 ⑬ のダイアログボックス下部に表示される Transfer all alignment data for post processing にチェックを入れます.



2. ⑭ で Script (Script files (.scb)) を保存します.続けて表示されるダイアログボックスでアライメントデータを
 STNext Saved Sequences ファイル形式 (.xss) で保存します.



アライメント付き BLAST レポートの作成

1. テキスト p.44-45 の手順で Script をインポートし,検索および回答を表示します.CAS RN を含む表示形式をお使いください.

2. My Files の Transcripts ページで,アライメント付きレポートを作成する Transcript の 「BLAST Alignment Report」 をクリックします.



3. 保存したアライメントデータ (.xss 形式) を選択し,Next をクリックします.次の Reporting 画面では Standard か Enhanced 形式を選択してください. (Table は利用不可).



アライメント付き BLAST レポートの例

こちらをご覧ください.

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