JAICI からのお知らせ
2018 年 10 月 2 日 (火) | ![]() |
STNext - アライメント付き BLAST レポートが作成可能に
STNext は Classic STN のすべてのコンテンツにアクセスできる Web インターフェースです.
このたび,CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアがバージョンアップされ,アライメント付き BLAST レポートを作成できるようになりました.アライメントは,配列質問式と回答の配列の一致部分を並べて表示したもので,ホモロジー検索の類似配列の確認に役立ちます.
◆ CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアのインストール
2018/9/27 以前に STNext の CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアをインストールしていた場合は,お手数ですが,2018/9/27以前のソフトウェアをアンインストール後に,新しいソフトウェアをインストールしてください.
インストール方法
1. こちらに接続し,STN の ID とパスワードを入力後,「Login」 ボタンをクリックします.
2.「Download」 ボタンをクリックし,ダウンロードソフトウェア (.exe ファイル) を保存します.
3. ダウンロードした .exe ファイルを実行してインストールします.
◆ アライメント付き BLAST レポートの作成方法
REGISTRY ファイルの BLAST ホモロジー検索は,独立したソフトウェアで行います.
このたびの強化で追加されたアライメント付き BLAST レポートを作成するには,REGISTRY BLAST ホモロジー検索で得られた配列を STNext へ移行する際に,Script とアライメントデータを保存する必要があります.
REGISTRY BLAST での Script とアライメントデータの保存方法
- ・REGISTRY BLAST の検索方法は,核酸・タンパク質配列検索テキストの B 章をご覧ください.
* 下記のページ数は,核酸・タンパク質配列検索テキストの資料内のページ数です.
1. テキスト p.43 ⑬ のダイアログボックス下部に表示される Transfer all alignment data for post processing にチェックを入れます.

2. ⑭ で Script (Script files (.scb)) を保存します.続けて表示されるダイアログボックスでアライメントデータを
STNext Saved Sequences ファイル形式 (.xss) で保存します.

アライメント付き BLAST レポートの作成
1. テキスト p.44-45 の手順で Script をインポートし,検索および回答を表示します.CAS RN® を含む表示形式をお使いください.
2. My Files の Transcripts ページで,アライメント付きレポートを作成する Transcript の 「BLAST Alignment Report」 をクリックします.

3. 保存したアライメントデータ (.xss 形式) を選択し,Next をクリックします.次の Reporting 画面では Standard か Enhanced 形式を選択してください. (Table は利用不可).

アライメント付き BLAST レポートの例
こちらをご覧ください.
カテゴリー:
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