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2018 年 11 月 27 日 (火) STN 関連
STNext - 配列質問式のアップロード機能の追加,アライメント付き BLAST レポートの作成方法の変更

STNext は Classic STN のすべてのコンテンツにアクセスできる Web インターフェースです.
このたび,配列検索に関するサポート機能の追加および変更が行われました.

◆ 配列質問式のアップロード機能の追加 (DGENE, PCTGEN, USGENE ファイル)

長い配列質問式を検索する場合には,アップロード機能を利用すると便利です.
アップロードした質問式は,どの検索タイプでも利用可能です.

アップロード方法

1) 配列質問式のテキストファイルを作成します.(.txt ファイル)
2) STNext にログインし,ファイルに入ります.
3) My Files の Structures ページで,「Import Biosequence」をクリックします.次に 「Import Biosequence File」ダイアログボックスで,Browse を押し 1) のファイルを選択します. 最後に OK を押します.



4) Structures の画面にアップロードした配列質問式が表示されます.

    - 編集したい場合は,Edit をクリックします.




5) Upload をクリックすると,質問式がアップロードされます.
アップロードした配列質問式は,=> D LQUE で確認できます.
=>
Uploading sequence file: p53


UPLOAD SUCCESSFULLY COMPLETED
L1   GENERATED

=> D L1 LQUE

L1    ANSWER 1  DGENE  COPYRIGHT 2018 CLARIVATE ANALYTICS on STN 
LQUE  GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGACTCCTACACCGGCGGCCCCTGCAC
      CAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCT
      GGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGC
      CAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCA
      TGGCCATCTAC

* DGENE, PCTGEN, USGENE ファイルの配列検索については,「核酸・タンパク質配列検索」の C, D 章をご覧ください.

◆ アライメント付き BLAST レポート作成手順の変更

2018 年 10 月 2 日のニュースで CAS REGISTRY BLAST ソフトウェアがバージョンアップされ,アライメント付き BLAST レポートを作成できるようになったことをお知らせしました.

このたび,アライメント付き BLAST レポートの作成手順が改善され,レポート作成がより分かりやすくなりました.

アライメント付き BLAST レポートの作成手順

1) 「核酸・タンパク質配列検索」の p.44-45 の手順で Script をインポートし,検索および回答を表示します.CAS RN® を含む表示形式をお使いください.
2) My Files の Transcripts ページで,アライメント付きレポートを作成したい Transcript 名の右横にある More Items (・・・のボタン) より Report を選択します.
3) Reporting 画面で,L 番号,テンプレート,フォーマット (Standard か Enhanced 形式) を選択し,「Include BLAST Alignment File」にチェックを付けます.最後に Next を押します.



4) 「Import Alignment Data」ダイアログボックスで 1) で保存したアライメントデータである STN Saved Sequences ファイル (.xss) を呼び出し,Next を押します.

アライメント付き BLAST レポートの例は,2018 年 10 月 2 日のニュースをご覧ください.

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