JAICI からのお知らせ

2021 年 1 月 25 日 (月) SciFinder 関連
SciFinderⁿ - 新機能 「Chemscape」「配列検索」「Bioscape」リリース他

SciFinderⁿ は,研究者が必要とする科学情報を,高度な検索エンジンをシンプルで使いやすいインターフェースで実行できる検索ツールです.

このたび,SciFinderⁿ に下記の強化が行われました.

新機能の搭載
・Chemscape (構造類似性と特許のビジュアル化)
・配列検索 (BLAST)
・Bioscape (配列類似性と特許のビジュアル化)

既存機能の強化
・Retrosynthesis Planner の強化
・Similarity スコアの表示強化
・アラートの結果の表示強化
・共有機能にオプションを追加
・物質名に Collective Index (CI) ラベルの付加


各機能の詳細は下記をご覧ください.

◆ Chemscape (構造類似性と特許のビジュアル化)

構造検索で得られた結果に対してビジュアル化機能 Chemscape が搭載されました.
構造検索結果画面の左側にある Create Chemscape Analysis ボタンをクリックするとビジュアル化ができます.



表において,位置は構造質問式との類似性を表し,バーの高さはその物質を収録している特許の数を表します.



Chemscape の作成手順は SciFinderⁿ - Chemscape をご参照ください.

◆ 配列検索機能の搭載

トップ画面の 「Biosequences」より BLAST 検索が可能になりました.

【検索方法】

1. トップ画面の Biosequences ボタンをクリックします.



2. 配列は直接入力する,ペーストすることができます.また Upload Sequence より配列質問式のファイル (.txt または .fasta) をアップロードすることも可能です.
.fasta ファイルでは,一度に最大 100 配列をアップロードして検索することが可能です.



3. Sequence Type で入力した配列タイプを選択します. (塩基またはタンパク質)

4. Search Within で回答のタイプ (塩基かタンパク質) を選択します.

Sequence Type Search Within 検索タイプ
塩基塩基BLASTn / MegaBLAST / BLASTn-short
塩基タンパク質BLASTx-fast
タンパク質タンパク質BLASTp / BLASTp-fast / BLASTp-short
タンパク質塩基TBLASTn-fast


5. Limit Total Sequence Results で回答の上限を選択します.(デフォルトは 100 件で最大は 20,000 件)

6. 詳細な条件設定を行いたい場合は,Adanced Biosequence Search から行います.

7. Start Biosequence Search をクリックし検索を実行します.



【配列検索の結果】

配列検索が終了すると,Search history に View Results と表示されます.



複数の配列検索を同時に行った場合は,View Results で複数の結果を表示させることができます.また,View Individual Sequences をクリックすると,それぞれの結果を表示させることもできます.



【検索画面の内容】

配列検索の検索画面では,質問式,検索詳細,配列のアライメントが表示されます.
また,E-Value, Query Coveraga %, Subject Coverage %, Sequence Identity % のフィルタで限定も可能です.



・Alignment タブ
アライメントのビジュアル化およびアライメントタブでは,一致しないコードは赤くハイライトされます.



・Subject タブ
Sequence Code (PatSnap 配列コード), 配列長,完全な配列が表示されます.

・Reference タブ
配列に関する特許情報が表示されます.

References をクリックすると Reference タブに含まれる特許のベーシック特許のレコードを表示することができます.

◆ Bioscape (配列類似性と特許のビジュアル化) の搭載

配列検索で得られた結果に対して,ビジュアル化機能 Bioscape が搭載されました.
配列検索結果の表示画面で画面左側にある Create Bioscape Analysis をクリックするとビジュアル化ができます.



表において,位置は配列質問式との類似性を表し,バーの高さはその物質を収録している特許の数を表します.

配列検索 (BLAST 検索), Bioscape の詳細は,核酸・ペプチド・タンパク質の検索をご参照ください.

◆ Retrosynthesis Planner の強化

Create Retrosynthesis Plan を実行すると,初めに Plan Options 画面が表示されるようになりました.
この Plan Options 画面の下部に,合成ルート作成完成後にメール配信の有無を決める 「Email me when my Retrosynthesis Plan is Complete」オプションが追加されました.



デフォルトではチェックが外れています.チェックを付けるとメールが配信されます.また,一度チェックを付けると次から自動的にチェックが付いた状態になります.

◆ Similarity スコアの表示強化

類似性構造検索 (Similarity) の結果に,Similarity スコアが表示されるようになりました.化学物質のレコードを Partial または Full 表示形式で表示した際にスコア値が表示されます.



スコア値は PDF や RTF でダウンロードした結果にも含まれます.

◆ アラートの結果の表示強化

アラートの複数の結果をまとめて表示できる 「View Multiple Results」機能が追加されました.
操作方法は下記の通りです.

Saved 画面で登録したアラートの Alerts ボタンを押すとアラートの結果を確認します.
次に「View Multiple Results」をクリックすると,チェックボックスが表示されますので,一度に表示したいアラートの結果にチェックを付けます.Select All をクリックした場合はすべてのアラート結果が選択されます.
最後に View Results をクリックすると,新規タブに選択した分のアラートの結果がまとめて表示されます.



◆ 共有機能にオプションを追加

検索結果の画面から,回答共有ボタンをクリックするとメール形式を選択できるようになりました.



・ Use My Default Mail App を選択すると,デフォルトのメールアプリが起動します.メールタイトルと本文に URL が自動的に含まれます.

・ Send with SciFinder-n を選択すると,メールアドレスを入力し Send をクリックすると URL を含むメールを SciFinder-n から直接送信できます.

◆ 物質名に Collective Index (CI) ラベルの付加

物質の CA 索引名に CI ラベルが付与されました.
例) Styrene, m-methyl- (8CI)

この CI ラベル情報は物質レコードの詳細画面や,PDF および RTF でダウンロードした際に含まれます.

カテゴリー:

STN 関連
STN 関連
CAS 登録番号サービス
CAS 登録番号サービス
SciFinder
SciFinder 関連
結晶構造 DB・化合物辞典
結晶構造 DB・化合物辞典
JAICI AutoTrans
JAICI AutoTrans
その他
その他
JAICI Science Dictionary
JAICI Science Dictionary