JAICI からのお知らせ

2021 年 3 月 3 日 (水) SciFinder 関連
SciFinderⁿ - CDR 配列検索および Motif 配列検索機能の搭載,BLAST 配列検索結果のダウンロードが可能に

SciFinderⁿ は,研究者が必要とする科学情報を,高度な検索エンジンとシンプルで使いやすいインターフェースより,最短ステップでご提供する検索ツールです.

2021 年 1 月 25 日のニュースで,BLAST 配列検索機能の搭載をご紹介しましたが,さらに CDR 配列検索機能と Motif 配列検索機能が利用できるようになりました.

・CDR 配列検索 - 抗体や T 細胞受容体の CDR を指定して検索するプログラム
・Motif 配列検索 - DNA, RNA, タンパク質中の短いパターン配列を検索するプログラム

◆ CDR 配列検索

Biosequences で CDR タブを開きます.
最大 3 つの CDR 配列を検索式として入力することができます.検索に用いる配列は FASTA ファイルをアップロードしてインポートすることも可能です.



検索結果としてアライメント,全配列,配列の出典 (特許) が表示されます.
また,検索結果には CDR に関するベン図が表示され,図中の特定のエリアの回答に絞り込むことができます.

例 : CDR1, CDR2, CDR3 を含む配列に限定する



◆ Motif 配列検索

Biosequences で Motif タブを開きます.
Motif 検索では,配列質問式にギャップ記号や特殊記号を用いることにより,ギャップの存在や代替残基,繰り返し等を含めた配列検索を行うことができます.



検索結果画面では複数のパターンの配列の結果が示されます.
デフォルトでは Sequence 1の情報が表示されています.他の配列パターンに変更するには,Seq 1 の右側にあるプルダウンから配列を選択します.
検索結果としてアライメント,全配列,配列の出典 (特許) が表示されます.





CDR, Motif 配列検索の結果については,BLAST 配列検索と同様に Bioscape (配列類似性と特許のビジュアル化) を利用できます.
CDR, Motif 配列検索の詳細については,SciFinderⁿ Help の Find Biosequenes および What's New の March 2, 2021 の内容をご覧ください.

◆ BLAST 配列検索の結果をダウンロード可能に

BLAST 検索の結果を最大 100 件まで Excel (.xlsx) 形式でダウンロードできるようになりました.
Excel には,Alignment Image, Alignment Text, Sequence Length, CAS RN®, Number of Patents, Patent No. Sequence ID, E-Value, BLAST Score, Matches, Mismatches, Alignment Identity 情報が含まれます.

カテゴリー:

STN 関連
STN 関連
JAICI AutoTrans
JAICI AutoTrans
Other
Other
SciFinder 関連
SciFinder 関連
JAICI Science Dictionary
JAICI Science Dictionary
CAS Scientific Patent Explorer
CAS Scientific Patent Explorer
CAS 登録番号サービス
CAS 登録番号サービス
FIZ PatMon
FIZ PatMon
結晶構造 DB・化合物辞典
結晶構造 DB・化合物辞典