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2021 年 1 月 25 日のニュースで，BLAST 配列検索機能の搭載をご紹介しましたが，さらに CDR 配列検索機能と Motif 配列検索機能が利用できるようになりました．

・CDR 配列検索 - 抗体や T 細胞受容体の CDR を指定して検索するプログラム
・Motif 配列検索 - DNA, RNA, タンパク質中の短いパターン配列を検索するプログラム

◆ CDR 配列検索

Biosequences で CDR タブを開きます．
最大 3 つの CDR 配列を検索式として入力することができます．検索に用いる配列は FASTA ファイルをアップロードしてインポートすることも可能です．



検索結果としてアライメント，全配列，配列の出典 (特許) が表示されます．
また，検索結果には CDR に関するベン図が表示され，図中の特定のエリアの回答に絞り込むことができます．

例 : CDR1, CDR2, CDR3 を含む配列に限定する

◆ Motif 配列検索

Biosequences で Motif タブを開きます．
Motif 検索では，配列質問式にギャップ記号や特殊記号を用いることにより，ギャップの存在や代替残基，繰り返し等を含めた配列検索を行うことができます．



検索結果画面では複数のパターンの配列の結果が示されます．
デフォルトでは Sequence 1の情報が表示されています．他の配列パターンに変更するには，Seq 1 の右側にあるプルダウンから配列を選択します．
検索結果としてアライメント，全配列，配列の出典 (特許) が表示されます．





CDR, Motif 配列検索の結果については，BLAST 配列検索と同様に Bioscape (配列類似性と特許のビジュアル化)　を利用できます．
CDR, Motif 配列検索の詳細については，SciFinderⁿ Help の Find Biosequenes および What's New の March 2, 2021 の内容をご覧ください．

◆ BLAST 配列検索の結果をダウンロード可能に

BLAST 検索の結果を最大 100 件まで Excel (.xlsx) 形式でダウンロードできるようになりました．
Excel には，Alignment Image, Alignment Text, Sequence Length, CAS RN®, Number of Patents, Patent No. Sequence ID, E-Value, BLAST Score, Matches, Mismatches, Alignment Identity 情報が含まれます．