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2021 年 3 月 3 日 (水) SciFinder 関連
SciFinderⁿ - CDR 配列検索および Motif 配列検索機能の搭載,BLAST 配列検索結果のダウンロードが可能に

SciFinderⁿ は,研究者が必要とする科学情報を,高度な検索エンジンとシンプルで使いやすいインターフェースより,最短ステップでご提供する検索ツールです.

2021 年 1 月 25 日のニュースで,BLAST 配列検索機能の搭載をご紹介しましたが,さらに CDR 配列検索機能と Motif 配列検索機能が利用できるようになりました.

・CDR 配列検索 - 抗体や T 細胞受容体の CDR を指定して検索するプログラム
・Motif 配列検索 - DNA, RNA, タンパク質中の短いパターン配列を検索するプログラム

◆ CDR 配列検索

Biosequences で CDR タブを開きます.
最大 3 つの CDR 配列を検索式として入力することができます.検索に用いる配列は FASTA ファイルをアップロードしてインポートすることも可能です.



検索結果としてアライメント,全配列,配列の出典 (特許) が表示されます.
また,検索結果には CDR に関するベン図が表示され,図中の特定のエリアの回答に絞り込むことができます.

例 : CDR1, CDR2, CDR3 を含む配列に限定する



◆ Motif 配列検索

Biosequences で Motif タブを開きます.
Motif 検索では,配列質問式にギャップ記号や特殊記号を用いることにより,ギャップの存在や代替残基,繰り返し等を含めた配列検索を行うことができます.



検索結果画面では複数のパターンの配列の結果が示されます.
デフォルトでは Sequence 1の情報が表示されています.他の配列パターンに変更するには,Seq 1 の右側にあるプルダウンから配列を選択します.
検索結果としてアライメント,全配列,配列の出典 (特許) が表示されます.





CDR, Motif 配列検索の結果については,BLAST 配列検索と同様に Bioscape (配列類似性と特許のビジュアル化) を利用できます.
CDR, Motif 配列検索の詳細については,SciFinderⁿ Help の Find Biosequenes および What's New の March 2, 2021 の内容をご覧ください.

◆ BLAST 配列検索の結果をダウンロード可能に

BLAST 検索の結果を最大 100 件まで Excel (.xlsx) 形式でダウンロードできるようになりました.
Excel には,Alignment Image, Alignment Text, Sequence Length, CAS RN®, Number of Patents, Patent No. Sequence ID, E-Value, BLAST Score, Matches, Mismatches, Alignment Identity 情報が含まれます.

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