JAICI からのお知らせ

2008 年 6 月 5 日 (木) STN 関連
DGENE, PCTGEN, USGENE ファイル - ホモロジー検索が強化されました

DGENE, PCTGEN, USGENE ファイルは,特許中の配列情報を収録するデータベースです.これらのデータベースでは,完全配列検索や部分配列検索のほか,BLAST ホモロジー検索と,GETSIM (FASTA) ホモロジー検索を行うことができます

この度,ホモロジー検索の強化が行われ,ホモロジー検索後の回答セットを作成する際,回答数だけでなく 「質問式」 に対する最低スコア値 (%) でも絞り込めるようになりました.
なお,これに伴い,SCORE 表示形式 (無料) も強化されました.これまでも Query Self スコアに対するパーセンテージは,GETSIM ホモロジー検索を行った場合のみ表示されていましたが,BLAST ホモロジー検索でも表示されるようになりました.

■ 検索例

=> FILE DGENE

=> UPLOAD
IS THIS DATA A QUERY, OR FOR A RUN PACKAGE? Q/R/(END):R
ENTER NAME OF RUN PACKAGE, END OR (?):BLAST
START LOCAL KERMIT TRANSMIT PROCESS

UPLOAD SUCCESSFULLY COMPLETED
L1   GENERATED

=> D LQUE L1
 
L1    ANSWER 1  DGENE  COPYRIGHT 2008 THOMSON REUTERS on STN 
LQUE  gctcccagaa tgccagaggc tgctcccccc gtggcccctg caccagcgactcctacaccg
      gcggcccctg caccagcccc ctcctggccc ctgtcatcttctgtcccttc ccagaaaacc
      taccagggca gctacggttt ccgtctgggcttcttgcatt ctgggacagc caagtctgtg
      acttgcacgt actcccctgccctcaacaag atgttttgcc aactggccaa gacctgccct
      gtgcagctgtgggttgattc cacacccccg cccggcaccc gcgtccgcgc catggccatctac


=> RUN BLAST L1 /SQN -F F

BLAST Version 2.2

The BLAST software is used herein with permission of the 
National Center for Biotechnology Information (NCBI) of 
the National Library of Medicine (NLM).  See also, Altschul, 
Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui 
Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein 
database search programs." Nucleic Acids Res. 25:3389-3402

BLAST SEARCHING
BLAST SEARCHING
  Database DGENE /imgserv/dgene/load/blastdb/NA
    Posted date:  May 30, 2008 10:21 PM
  Number of letters in database: 4,294,966,541
  Number of sequences in database:  6,824,510

  Database DGENE /imgserv/dgene/load/blastdb/NA.01
    Posted date:  May 30, 2008 10:25 PM
  Number of letters in database: 221,389,932
  Number of sequences in database:  504,027

Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31 
Gapped
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31 
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 885,489
Number of Sequences: 7328537
Number of extensions: 885489
Number of successful extensions: 247614
Number of sequences better than 10.0: 1113
length of query: 303
length of database: 4,516,356,473
effective HSP length: 20
effective length of query: 283
effective length of database: 4,369,785,733
effective search space: 1236649362439
effective search space used: 1236649362439
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 19 (38.2 bits)

 1112 ANSWERS FOUND BELOW EXPECTATION VALUE OF 10.0

      QUERY SELF SCORE VALUE IS   601 <== 質問式のスコア値
      BEST ANSWER SCORE VALUE IS  601 <== 最も類似度が高い回答のスコア値

Similarity
Score
      601 |                                                
          |||||||                                          
          |||||||                                          
          |||||||                                          
          |||||||                                          
          |||||||                                          
          |||||||                                          
          |||||||                                          
          ||||||||                                         
          ||||||||||||                                     
      301 |||||||||||||                                    
          ||||||||||||||                                   
          ||||||||||||||                                   
          |||||||||||||||                                  
          |||||||||||||||                                  
          ||||||||||||||||                                 
          ||||||||||||||||                                 
          |||||||||||||||||                                
          |||||||||||||||||||                              
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Answer Count     230       460       690       920      1150

ENTER EITHER THE NUMBER OF ANSWERS YOU WISH TO KEEP
 OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SELF SCORE FOLLOWED BY %
 (BEST ANSWER PERCENTAGE IS 100%)     
ENTER (ALL) OR ? :80%                      <=== 最低スコア値 (%) で指定可能
L2    RUN STATEMENT CREATED
L2         159 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
               TCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTT
               CTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGC
               TTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGC
               CCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGT
               GGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATC
               TAC/SQN.-F F

Answer set arranged by accession number; to sort by descending
similarity score, enter at an arrow prompt (=>) "sor score d".

=> SORT SCORE D
ENTER (L2), L#, OR L# RANGE:L2
SORT ENTIRE ANSWER SET? (Y)/N:Y
PROCESSING COMPLETED FOR L2  
L3          159 SORT L2 SCORE D

 => D ALIGN SCORE 1
 
L3    ANSWER 1 OF 159  DGENE  COPYRIGHT 2008 THOMSON REUTERS on STN 
BLASTALIGN
   Query  = 303 letters
   Length = 1303
   Score  =  601 bits (303), Expect = e-176
   Identities = 303/303 (100%)
   Strand = Plus / Plus
                                                                         
  Query: 1   gctcccagaatgccagaggctgctccccccgtggcccctgcaccagcgactcctacaccg
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Sbjct: 308 gctcccagaatgccagaggctgctccccccgtggcccctgcaccagcgactcctacaccg
                                                                         
  Query: 61  gcggcccctgcaccagccccctcctggcccctgtcatcttctgtcccttcccagaaaacc
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Sbjct: 368 gcggcccctgcaccagccccctcctggcccctgtcatcttctgtcccttcccagaaaacc
                                                                         
  Query: 121 taccagggcagctacggtttccgtctgggcttcttgcattctgggacagccaagtctgtg
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Sbjct: 428 taccagggcagctacggtttccgtctgggcttcttgcattctgggacagccaagtctgtg
                                                                         
  Query: 181 acttgcacgtactcccctgccctcaacaagatgttttgccaactggccaagacctgccct
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Sbjct: 488 acttgcacgtactcccctgccctcaacaagatgttttgccaactggccaagacctgccct
                                                                         
  Query: 241 gtgcagctgtgggttgattccacacccccgcccggcacccgcgtccgcgccatggccatc
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Sbjct: 548 gtgcagctgtgggttgattccacacccccgcccggcacccgcgtccgcgccatggccatc
                
  Query: 301 tac 303
             |||
  Sbjct: 608 tac 610

SCORE 601      100% of query self score 601 <=== BLAST ホモロジー検索の結果にも 
                         Query Self スコアに対するパーセンテージが
                         表示されるようになりました!


* 注: Identities = 303/303 (100%) の % とは異なります.
    あくまで質問式スコア値に対するパーセンテージです.
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