JAICI からのお知らせ
2009 年 5 月 12 日 (火) | ![]() |
DGENE, USGENE, PCTGEN ファイル - RUN GETSEQ 検索機能の強化
DGENE, PCTGEN, USGENE ファイルは,特許中の配列情報を収録するデータベースです.
このたび,これらの 3 つのファイルで,完全配列検索/部分配列検索を行う際に利用する RUN GETSEQ (完全配列および部分配列) 検索の機能が強化されました.
■ 回答数の制限値が増加
RUN GETSEQ の回答数の上限が 250,000 件になりました.(従来は 49,999 件)
この制限値の増加に伴い検索する際は下記のような変更がございます.
- 回答が 25,000 件以上の場合には,25,000 件ずつの L 番号が複数作成されます.
- 検索時に予想回答数と作成される L 番号の数が表示されます.
- 複数の L 番号に分かれて回答集合が作成された場合には,最後に SEARCH コマンドで回答集合をまとめる必要があります.(=> S L1-L10)
■ HIT 表示形式の料金の変更
HIT 表示形式はヒットした配列およびヒットタームを含むフィールドを表示します.
従来 HIT 表示形式の料金は出力フィールドにより異なっていましたが,このたびの強化により,ヒットした配列の表示に対しては無料になりました.
(ヒットタームに対しては従来通りの料金が課金されます)
■ ALIGN 表示形式が利用可能に
従来 ALIGN 表示形式はホモロジー検索の回答に対してのみ有効な表示形式でしたが,このたびの強化で RUN GETSEQ
の結果に対しても利用できるようになりました.
- RUN GETSEQ の結果に対する ALIGN 表示形式の出力内容は,ヒットした配列を表示する HIT 表示形式の出力内容と同じになります.
- 料金 : 無料
■ 検索例 => FILE DGENE => RUN GETSEQ ARG/SQSP RUN GETSEQ AT 02:18:07 ON 08 MAY 2009 COPYRIGHT (C) 2009 FIZ KARLSRUHE GMBH Number of answers 230291 will create 10 Answer Sets <-- 予想回答数と作成される L 番号の数が表示されます L1 RUN STATEMENT CREATED L1 25000 ARG/SQSP <-- 25,000 件づつの回答集合が複数作成されます L2 RUN STATEMENT CREATED L2 25000 ARG/SQSP L3 RUN STATEMENT CREATED L3 25000 ARG/SQSP L4 RUN STATEMENT CREATED L4 25000 ARG/SQSP L5 RUN STATEMENT CREATED L5 25000 ARG/SQSP L6 RUN STATEMENT CREATED L6 25000 ARG/SQSP L7 RUN STATEMENT CREATED L7 25000 ARG/SQSP L8 RUN STATEMENT CREATED L8 25000 ARG/SQSP L9 RUN STATEMENT CREATED L9 25000 ARG/SQSP L10 RUN STATEMENT CREATED L10 5291 ARG/SQSP => S L1-L10 <-- 最後に回答集合をまとめてください L11 230291 (L1 OR L2 OR L3 OR L4 OR L5 OR L6 OR L7 OR L8 OR L9 OR L10) => D HIT <-- 上記の検索式よりヒットした部分は配列情報のみなので,HIT 表示形式は無料です (ALIGN 表示形式 (無料) でも同じ内容が表示されます) L11 ANSWER 1 OF 230291 DGENE COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN SEQ arg <-- 配列中で最初にヒットしたコード部分のみが表示されます === HITS AT: 14-16 <-- ヒットしたコードの位置が表示されます => D SQIDE <-- 全配列を表示するには SQIDE 表示形式 (836 円/件) などをご利用ください L11 ANSWER 1 OF 230291 DGENE COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN AN AWI67977 peptide DGENE AA 4 A; 2 R; 4 N; 0 D; 0 B; 3 C; 0 Q; 0 E; 0 Z; 4 G; 0 H; 0 I; 0 L; 0 K; 0 M; 0 F; 0 P; 1 S; 2 T; 1 W; 2 Y; 0 V; 0 Others SQL 23 SEQ 1 gayytngcnw sngargtnca rca === HITS AT: 14-16 => S L11 AND CLAIM?/PSL AND PY>2007 L12 5641 L11 AND CLAIM?/PSL AND PY>2007 => D HIT <-- キーワードなどを組み合わせた回答集合 (L12) に対して HIT 表示形式を利用すると, ヒットタームを含むフィールドが表示され課金されます.(今回の例では 413 円/件) そのためこのような場合に,ヒットした配列情報のみを表示したい場合は, ALIGN 表示形式をご利用ください. L12 ANSWER 1 OF 5641 DGENE COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN PI KR 2009017925 A 20090219 31 PSL Claim 2; SEQ ID NO 12 SEQ arg === HITS AT: 145-147 => D ALIGN <-- ALIGN 表示形式 (無料) L12 ANSWER 1 OF 5641 DGENE COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN SEQ arg === HITS AT: 145-147 ** 参考 ** ■ 標題,配列長,分子タイプなどは無料の TRIAL 表示形式で表示されます. => D L12 1 TRIAL ALIGN L12 ANSWER 1 OF 5641 DGENE COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN AN AWI34428 protein DGENE TI Novel manganese peroxidase cDNA from basidiomycete fungus, Polyporus brumalis, useful for treating AIDS. DESC Polyporus brumalis manganese peroxidase 6 protein sequence, SEQ ID 12. KW protein therapy; enzyme production; therapeutic; acquired immune deficiency syndrome; immunostimulant; Manganese peroxidase 6; Mnp6. SQL 425 SEQ arg === HITS AT: 145-147 ■ 同一特許由来や関連特許由来の回答を FSORT コマンドでまとめることができます. => FSORT L12 : SEL L12 1- PN,APPS L13 SEL L12 1- PN APPS : 3587 TERMS 'L13' DELETED L13 5641 FSO L12 448 Multi-record Families Answers 1-5293 Family 1 Answers 1-4 Family 2 Answers 5-32 : Family 447 Answers 5273-5285 Family 448 Answers 5286-5293 348 Individual Records Answers 5294-5641 0 Non-patent Records
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