JAICI からのお知らせ

2009 年 5 月 12 日 (火) STN 関連
DGENE, USGENE, PCTGEN ファイル - RUN GETSEQ 検索機能の強化

DGENE, PCTGEN, USGENE ファイルは,特許中の配列情報を収録するデータベースです.

このたび,これらの 3 つのファイルで,完全配列検索/部分配列検索を行う際に利用する RUN GETSEQ (完全配列および部分配列) 検索の機能が強化されました.

■ 回答数の制限値が増加

RUN GETSEQ の回答数の上限が 250,000 件になりました.(従来は 49,999 件)

この制限値の増加に伴い検索する際は下記のような変更がございます.

    • 回答が 25,000 件以上の場合には,25,000 件ずつの L 番号が複数作成されます.
    • 検索時に予想回答数と作成される L 番号の数が表示されます.
    • 複数の L 番号に分かれて回答集合が作成された場合には,最後に SEARCH コマンドで回答集合をまとめる必要があります.(=> S L1-L10)

■ HIT 表示形式の料金の変更

HIT 表示形式はヒットした配列およびヒットタームを含むフィールドを表示します.
従来 HIT 表示形式の料金は出力フィールドにより異なっていましたが,このたびの強化により,ヒットした配列の表示に対しては無料になりました.
(ヒットタームに対しては従来通りの料金が課金されます)

■ ALIGN 表示形式が利用可能に

従来 ALIGN 表示形式はホモロジー検索の回答に対してのみ有効な表示形式でしたが,このたびの強化で RUN GETSEQ の結果に対しても利用できるようになりました.

    • RUN GETSEQ の結果に対する ALIGN 表示形式の出力内容は,ヒットした配列を表示する HIT 表示形式の出力内容と同じになります.
    • 料金 : 無料

■ 検索例

=> FILE DGENE

=> RUN GETSEQ ARG/SQSP

RUN GETSEQ AT 02:18:07 ON 08 MAY 2009
COPYRIGHT (C) 2009 FIZ KARLSRUHE GMBH

Number of answers  230291 will create 10 Answer Sets <-- 予想回答数と作成される L 番号の数が表示されます

L1    RUN STATEMENT CREATED
L1       25000 ARG/SQSP        <-- 25,000 件づつの回答集合が複数作成されます
L2    RUN STATEMENT CREATED
L2       25000 ARG/SQSP
L3    RUN STATEMENT CREATED
L3       25000 ARG/SQSP
L4    RUN STATEMENT CREATED
L4       25000 ARG/SQSP
L5    RUN STATEMENT CREATED
L5       25000 ARG/SQSP
L6    RUN STATEMENT CREATED
L6       25000 ARG/SQSP
L7    RUN STATEMENT CREATED
L7       25000 ARG/SQSP
L8    RUN STATEMENT CREATED
L8       25000 ARG/SQSP
L9    RUN STATEMENT CREATED
L9       25000 ARG/SQSP
L10   RUN STATEMENT CREATED
L10       5291 ARG/SQSP

=> S L1-L10                    <-- 最後に回答集合をまとめてください
L11     230291 (L1 OR L2 OR L3 OR L4 OR L5 OR L6 OR L7 OR L8 OR L9 OR L10)

=> D  HIT   <-- 上記の検索式よりヒットした部分は配列情報のみなので,HIT 表示形式は無料です
                   (ALIGN 表示形式 (無料) でも同じ内容が表示されます)

L11   ANSWER 1 OF 230291  DGENE  COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN 
SEQ
          arg          <--  配列中で最初にヒットしたコード部分のみが表示されます                                    
          ===                                                   
HITS AT:  14-16        <--  ヒットしたコードの位置が表示されます

=> D SQIDE      <-- 全配列を表示するには SQIDE 表示形式 (836 円/件) などをご利用ください

L11   ANSWER 1 OF 230291  DGENE  COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN 
AN    AWI67977  peptide       DGENE
AA    4 A; 2 R; 4 N; 0 D; 0 B; 3 C; 0 Q; 0 E; 0 Z; 4 G; 0 H;  0 I; 0 L; 0 K; 0
      M; 0 F; 0 P; 1 S; 2 T; 1 W; 2 Y; 0 V;  0 Others
SQL   23
SEQ
        1 gayytngcnw sngargtnca rca                             
                        ===                                     
HITS AT:  14-16

=> S L11 AND CLAIM?/PSL AND PY>2007
L12       5641 L11 AND CLAIM?/PSL AND PY>2007

=> D HIT         <-- キーワードなどを組み合わせた回答集合 (L12) に対して HIT 表示形式を利用すると,
                     ヒットタームを含むフィールドが表示され課金されます.(今回の例では 413 円/件)
           そのためこのような場合に,ヒットした配列情報のみを表示したい場合は,
           ALIGN 表示形式をご利用ください.

L12   ANSWER 1 OF 5641  DGENE  COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN 
PI    KR 2009017925   A  20090219                31
PSL   Claim 2; SEQ ID NO 12
SEQ
          arg                                                   
          ===                                                   
HITS AT:  145-147

=> D ALIGN        <-- ALIGN 表示形式 (無料)

L12   ANSWER 1 OF 5641  DGENE  COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN 
SEQ
          arg                                                   
          ===                                                   
HITS AT:  145-147

** 参考 **

■ 標題,配列長,分子タイプなどは無料の TRIAL 表示形式で表示されます.

=> D L12 1 TRIAL ALIGN
 
L12   ANSWER 1 OF 5641  DGENE  COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on STN 
AN    AWI34428  protein       DGENE
TI    Novel manganese peroxidase cDNA from basidiomycete fungus, Polyporus
      brumalis, useful for treating AIDS.
DESC  Polyporus brumalis manganese peroxidase 6 protein sequence, SEQ ID 12.
KW    protein therapy; enzyme production; therapeutic; acquired immune
      deficiency syndrome; immunostimulant; Manganese peroxidase 6; Mnp6.
SQL   425
SEQ
          arg                                                   
          ===                                                   
HITS AT:  145-147

■ 同一特許由来や関連特許由来の回答を FSORT コマンドでまとめることができます.

=> FSORT L12
   :
SEL L12 1- PN,APPS
L13         SEL L12 1- PN APPS :    3587 TERMS

'L13' DELETED
L13        5641 FSO L12

            448 Multi-record Families   Answers 1-5293
                  Family 1                Answers 1-4
                  Family 2                Answers 5-32
           :
                  Family 447              Answers 5273-5285
                  Family 448              Answers 5286-5293
            348 Individual Records      Answers 5294-5641
              0 Non-patent Records  
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