JAICI からのお知らせ

2010 年 2 月 8 日 (月) STN 関連
USGENE, PCTGEN ファイル - 新規の FASTA, FASTA2 表示形式が追加されました

USGENE, PCTGEN ファイルは,特許中の配列情報を収録するデータベースです.

このたび,これらのファイルで,FASTA 表示形式, FASTA2 表示形式が利用可能になりました.

FASTA 表示形式はサードパーティ製の配列解析ツールに広く対応しています.
今回の強化により,USGENE, PCTGEN ファイルにおける配列検索の結果を一般的な配列解析ツールにて直接解析することが可能になりました.

◆ 表示内容

    • FASTA 表示形式
        レコード番号 (AN),配列同定番号 (SEQN),特許番号 (PN),配列 (SEQ)
    • FASTA2 表示形式
        配列 (SEQ)
    配列は,一行に 70 文字表示されます.

◆ 表示料金

USGENE ファイル

    FASTA 表示形式 : 643 円
    FASTA2 表示形式 : 415 円
PCTGEN ファイル
    FASTA 表示形式 : 358 円
    FASTA2 表示形式 : 196 円

=> D ALL FASTA または =>D ALL FASTA2 は => D ALL と同じ料金です.
また,=> D BRIEF FASTA または => D BRIEF FASTA2 は => D BRIEF と同じ料金です.

◆ 表示例 (FASTA, FASTA2 表示形式)
 
=> D FASTA
 
L1    ANSWER 1 OF 1  USGENE COPYRIGHT 2010 SEQUENCEBASE CORP on STN 
FASTA: 
>USGENE|20100017904.32958|Protein|sequence 32958 from US20100017904 <-- AN, SEQN, PN が表示される
mgevvatweateggagvkgpvvvtgasgflgswlvmkllqagytvratvrdpanvvktkplldlpgater <-- SEQ が表示される
lslwkadladegsfddairgctgvfhvatpmdfeskdpenevikptvegmmsimrackeagtvrrivfts
sagtvnieerqrpvydqdnwsdvdfcqrvkmtgwmyfvskslaekaamayaaehgldfisiiptlvvgpf
lsagmppslitalalvtgneahysilkqvqfvhlddlcdahlflfehpaaagryvcsshdatihglaaml
rdrypeydiperfpgieddlqpvhfsskklldhgftfkytvedmfdaairmcrekgliplatagggralp

=> D FASTA2

L1    ANSWER 1 OF 1  USGENE COPYRIGHT 2010 SEQUENCEBASE CORP on STN 
FASTA2: 
>USGENE|Protein
mgevvatweateggagvkgpvvvtgasgflgswlvmkllqagytvratvrdpanvvktkplldlpgater <-- SEQ が表示される
lslwkadladegsfddairgctgvfhvatpmdfeskdpenevikptvegmmsimrackeagtvrrivfts
sagtvnieerqrpvydqdnwsdvdfcqrvkmtgwmyfvskslaekaamayaaehgldfisiiptlvvgpf
lsagmppslitalalvtgneahysilkqvqfvhlddlcdahlflfehpaaagryvcsshdatihglaaml
rdrypeydiperfpgieddlqpvhfsskklldhgftfkytvedmfdaairmcrekgliplatagggralp
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