JAICI からのお知らせ

2011 年 5 月 25 日 (水) STN 関連
DGENE, USGENE, PCTGEN ファイル - 配列検索機能が強化されました

DGENE, USGENE, PCTGEN ファイルは,特許中の配列情報を収録するデータベースです.

このたび,これらの 3 つのファイルで,mpiBLAST 1.5.0 を用いた並列処理 (parallel processing) を導入しました.
並列処理の導入により,すべての配列検索 (RUN GETSEQ, RUN GETSIM, RUN BLAST, BATCH 検索) の検索速度が向上しました.

さらに,BLAST プログラムが BLAST version 2.2.15 にアップグレードされました.
BLAST のバージョン変更に伴なうパラメータのデフォールト値や検索方法に変更はありませんが,一部のパラメータについては設定できる値の範囲が変更になっています.
BLAST 検索におけるパラメータ設定の詳細については,DGENE, USGENE, PCTGEN ファイルに入ってから => HELP OPTIONS でご確認いただけます.

また,このたびの強化の詳細については => HELP CHANGE を,BLAST 検索に関する詳細については => HELP NCBI をご参照ください.

◆ 参考資料

・mpiBLAST 1.5.0 についての詳細はこちらをご覧ください.
・BLAST アルゴリズムについての詳細は NCBI のサイトをご覧ください.

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