CSD-Core (ケンブリッジ結晶構造データベース) 概要

概要・収録内容

CSD-Core (ケンブリッジ結晶構造データベース) の概要

The Cambridge Structural Database

製作	ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre : CCDC，英)
内容	化合物の名称・分子式，二次元構造図，結合表，三次元原子座標，結晶学データ，書誌事項，実験条件
件数	116 万件 (1965～) (2021 年 12 月現在)
更新	データ追加 7 万件/年 (前年比実績), 年 3, 4 回追加データ・ソフトをダウンロード
頒布形態	ダウンロード（オプションでUSBメモリー）
使用可能機種	Windows 10 and 11 (Intel compatible, 64-bit) Linux (Intel compatible, 64-bit) 　　- RedHat Enterprise 7.6 or higher and 8 　　- CentOS 7.6 or higher 　　- CentOS Stream 8 　　- Ubuntu LTS 18 and 20 macOS (Intel compatible or Apple ARM, 64-bit) 　　- macOS 10.15, 11 and 12 ディスクスペース：24 GB [なお，一部アプリケーションについては，上記以外の制限あり．詳細はお問い合わせください]
契約形態	年間定額

● 詳細はこちらをご覧ください．

CSD 2021.3の強化点 (2021年12月リリース)

新しいSubsetの追加 (Electron Diffraction, Polymorphs, Hydrates, High Pressure)．
MercuryからのSubsetへのナビゲーション改良．
CSD Python APIでのSubset利用の改善．
Mercury/CSD Python APIでのSMARTS/SMILES利用の改善．
MercuryでのStructure Editingの改良 (共有結合距離の編集可能)．
Licence Portalの設置 (Licence期限やActivation数の確認，Off-line登録が可能)．

機能紹介

CSD-Core (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

(以下から構成されるパッケージとして提供)
ConQuest: CSD-Core を検索・表示するためのソフト
Mercury: 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
Hermes: 生体高分子の結晶構造表示ソフト
IsoStar: Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul: Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
WebCSD: Web インターフェースで CSD のデータを簡易的に検索 (1D/2D検索のみ)
CSD-Editor: In-house database を CSD フォーマットに変換するためのソフトウエア (オプションですので個別にご相談ください)
CSD Python API: script を書くことで自在な検索やワークフローを構築
Pipeline Pilot Component: 1D/2D検索，部分構造検索，類似性検索ほか
KNIME Component: 1D/2D検索，部分構造検索，類似性検索ほか

ConQuest
ConQuest は，ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-Core) の検索用プログラムです．各種テキスト・数値検索の他，下記のような構造検索機能が備わっています．

部分構造検索
分子内ジオメトリー情報による検索
分子間非結合接触の検索
Pharmacophore 検索

ConQuest の特徴：

使い易い化学構造作図機能および幾何学的パラメータの定義機能
検索質問式の簡単な組み立て機能
検索実行中も可能な，検索結果の会話型ブラウジング
各種の出力ファイル形式 (CIF, PDB, SDF, MOL2, SHELX等)

Mercury
Mercury は，結晶構造を表示するのに最適なソフトです．対称操作に基づき，簡単にパッキングが表示でき，分子間相互作用を表示することも可能です．CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています．機能を制限した version は，無料でお使いいただけます．

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です．ConQuest で 3D パラメータを定義すると，検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます．ヒストグラム，分布図，ポーラプロットを作成することができ，成分分析や相関解析を行うことができます．

Hermes
Hermes は，蛋白質などの生体高分子の立体構造を可視化・解析するソフトです．結晶構造に基づく原子位置を表示し，蛋白質の結合部位の理解に役立ちます．

Hermes の特徴：

読み込み可能ファイル：PDB file, mol2, mol, contoured surface .acnt.
リボン，wireframe, spacefilling表示への自由に切り替え
ドッキング結果の解析に最適
リガンド分子の編集
印刷用高解像度のイメージ作成
その他，CSD-Discoveryのプラットフォームとしても利用

IsoStar
IsoStar は，実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値を含む)．ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています．

IsoStar の特徴：

CSD と PDB から抽出される非結合接触情報
接触グループ，中心グループを選ぶためのウェブブラウザによるフロントエンド
分散プロットを瞬時に表示
ユーザーの定義したレベルによる等密度線表示
CSD および PDB の元データへのハイパーリンク

Mogul
Mogul は，実験値に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです．CSD のデータを基に結合距離，結合角度，ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます．お手元の分子構造と Mogul ヒストグラムとの比較にとどまらず，構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です．Mogulは，CCP4 の Coot, Global Phasing の Grade, BioSolveIT の TorsionAnalyzer，リガクの PDXL 等リンクしてお使いいただけます．

Mogul の特徴：

実測データに基づく，ヒストグラムの素早い表示
多様な読み込みファイル (MOL2. CIF, PDB, RES)
コマンドラインを使った batch モード対応も可能

WebCSD
WebCSD は，on-line ポータルとして web ブラウザーからプラットフォームを選ばずに手軽に CSD のデータにアクセスするためのツールです．テキスト検索，2D 構造式からの検索が可能です．ConQuest よりもデータ更新が早く，また計算で求められた結晶構造も non-CSD Structure として収録されています．