CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) 概要

概要・収録内容

CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の概要

The Cambridge Structural Database： CSD-System

製作	ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre : CCDC，英)
内容	化合物の名称・分子式，二次元構造図，結合表，三次元原子座標，結晶学データ，書誌事項，実験条件
件数	85万件 (1965～) (2017 Release)
更新	データ追加5.5万件，更新7万件 (前年比実績)，年 1 回フルデータベースと，定期的に追加データをダウンロード
頒布形態	ダウンロード（オプションでUSBメモリー）
使用可能機種	Windows (32ビット，64ビット) Vista/7/8/10 Linux (32ビット，64ビット) 　　- RedHat Enterprise 6, 7 　　- CentOS 6, 7 　　- Ubuntu 12, 14, 16 Mac OS X 10.9, 10.10, 10.11, 10.12 ディスクスペース：17GB
契約形態	年間定額 (4 月～ 3 月)

● 詳細はこちらをご覧ください．

CSD 2017の強化点

DrugBank IDの付与
2万件以上のデータに金属の酸化状態追加
古い文献へのDOIの追加
CSD Python APIのインストールの簡便化
Mercury上での拡大縮小のタッチスクリーン機能

機能紹介

CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

(以下から構成されるパッケージとして提供)
ConQuest: CSD-System を検索・表示するためのソフト
Mercury: 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
IsoStar: Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul: Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
PreQuest: In-house database を CSD format に変換するためのソフト
WebCSD: Web インターフェースで CSD のデータを簡易的に検索 (1D/2D検索のみ)
CSD Python API: script書くことで自在な検索やワークフローを構築

CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の新シリーズ

★アップグレード契約でご利用いただけます．
SuperStar: 実験値に基づくタンパク質-リガンド相互作用を予測するためのツール
　　　　　 (CSD-Discovery/CSD-Enterpriseに付属)
Solid Form Module: 類似水素結合様式やパッキングを抽出・解析するツール
　　　　　　　　　 (CSD-Materials/CSD-Enterpriseに付属)

ConQuest
ConQuest は，ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-System) の検索用プログラムです．各種テキスト・数値検索の他，下記のような構造検索機能が備わっています．

部分構造検索
分子内ジオメトリー情報による検索
分子間非結合接触の検索

ConQuest の特徴：

使い易い化学構造作図機能および幾何学的パラメータの定義機能
検索質問式の簡単な組み立て機能
検索実行中も可能な，検索結果の会話型ブラウジング
各種の出力ファイル形式 (CIF，PDB，MOL2，SHELX 等)
ヘルプ機能，マニュアル，検索例題付き

Mercury
Mercury は，結晶構造を表示するのに最適なソフトです．対称操作に基づき，簡単にパッキングが表示でき，分子間相互作用を表示することも可能です．CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています．機能を制限した version は，無料でお使いいただけます．

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です．ConQuest で 3D パラメータを定義すると，検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます．ヒストグラム，分布図，ポーラプロットを作成することができ，成分分析や相関解析を行うことができます．