CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) 概要

概要・収録内容

CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の概要

The Cambridge Structural Database： CSD-System

製作	ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre : CCDC，英)
内容	化合物の名称・分子式，二次元構造図，結合表，三次元原子座標，結晶学データ，書誌事項，実験条件
件数	90 万件 (1965～) (2018 Release)
更新	データ追加 5 万件，更新 6 万件 (前年比実績)．年 1 回フルデータベースと定期的に追加データをダウンロード
頒布形態	ダウンロード（オプションでUSBメモリー）(CSD 2018)
使用可能機種	Windows (32 & 64 bit) 7, 8, 10 Linux (32 & 64 bit) 　　- RedHat Enterprise 6 and 7 　　- CentOS 6 and 7 　　- Ubuntu 12, 14 and 16 Mac OS X 10.10, 10.11, 10.12, 10.13 ディスクスペース：17 GB [なお，一部アプリケーションについては，上記以外の制限あり．詳細はお問い合わせください]
契約形態	年間定額 (4 月～ 3 月)

● 詳細はこちらをご覧ください．

CSD 2018の強化点

異方性変位パラメータ (ADP)，22 万件追加
3D 表示ソフトの強化
架橋環状化合物の Mogul での取り扱い強化
IsoStar でヨウ素の取り扱い開始
WebCSD v2 リリース (計算で求めた構造へのアクセスも可能に)

機能紹介

CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

(以下から構成されるパッケージとして提供)
ConQuest: CSD-System を検索・表示するためのソフト
Mercury: 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
IsoStar: Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul: Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
WebCSD: Web インターフェースで CSD のデータを簡易的に検索 (1D/2D検索のみ)
PreQuest: In-house database を CSD フォーマットに変換するためのソフトウエア (配布終了のため，個別にご相談ください)
CSD Python API: script を書くことで自在な検索やワークフローを構築

ConQuest
ConQuest は，ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-System) の検索用プログラムです．各種テキスト・数値検索の他，下記のような構造検索機能が備わっています．

部分構造検索
分子内ジオメトリー情報による検索
分子間非結合接触の検索
Pharmacophore 検索

ConQuest の特徴：

使い易い化学構造作図機能および幾何学的パラメータの定義機能
検索質問式の簡単な組み立て機能
検索実行中も可能な，検索結果の会話型ブラウジング
各種の出力ファイル形式 (CIF, PDB, SDF, MOL2, SHELX等)

Mercury
Mercury は，結晶構造を表示するのに最適なソフトです．対称操作に基づき，簡単にパッキングが表示でき，分子間相互作用を表示することも可能です．CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています．機能を制限した version は，無料でお使いいただけます．

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です．ConQuest で 3D パラメータを定義すると，検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます．ヒストグラム，分布図，ポーラプロットを作成することができ，成分分析や相関解析を行うことができます．

IsoStar
IsoStar は，実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値を含む)．ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています．

IsoStar の特徴：

CSD と PDB から抽出される非結合接触情報
接触グループ，中心グループを選ぶためのウェブブラウザによるフロントエンド
分散プロットを瞬時に表示
ユーザーの定義したレベルによる等密度線表示
CSD および PDB の元データへのハイパーリンク

Mogul
Mogul は，実験値に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです．CSD のデータを基に結合距離，結合角度，ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます．お手元の分子構造と Mogul ヒストグラムとの比較にとどまらず，構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です．Mogulは，CCP4 の Coot, Global Phasing の Grade, BioSolveIT の TorsionAnalyzer，リガクの PDXL 等リンクしてお使いいただけます．

Mogul の特徴：

実測データに基づく，ヒストグラムの素早い表示
多様な読み込みファイル (MOL2. CIF, PDB, RES)
コマンドラインを使った batch モード対応も可能

WebCSD
WebCSD は，on-line ポータルとして web ブラウザーからプラットフォームを選ばずに手軽に CSD のデータにアクセスするためのツールです．テキスト検索，2D 構造式からの検索が可能です．ConQuest よりもデータ更新が早く，また計算で求められた結晶構造も non-CSD Structure として収録されています．