CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) 概要

概要・収録内容
CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の概要
The Cambridge Structural Database: CSD-System
製作 ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre : CCDC,英)
内容 化合物の名称・分子式,二次元構造図,結合表,三次元原子座標,結晶学データ,書誌事項,実験条件
件数 85万件 (1965~) (2017 Release)
更新 データ追加5.5万件,更新7万件 (前年比実績),年 1 回 フルデータベースと,定期的に追加データをダウンロード
頒布形態 ダウンロード(オプションでUSBメモリー)
使用可能機種 Windows (32ビット,64ビット) Vista/7/8/10
Linux (32ビット,64ビット)
   - RedHat Enterprise 6, 7
   - CentOS 6, 7
   - Ubuntu 12, 14, 16
Mac OS X 10.9, 10.10, 10.11, 10.12
ディスクスペース:17GB
契約形態 年間定額 (4 月~ 3 月)
● 詳細はこちらをご覧ください.
CSD 2017の強化点
機能紹介
CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

(以下から構成されるパッケージとして提供)
ConQuest: CSD-System を検索・表示するためのソフト
Mercury: 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
IsoStar: Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul: Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
PreQuest: In-house database を CSD format に変換するためのソフト
WebCSD: Web インターフェースで CSD のデータを簡易的に検索 (1D/2D検索のみ)
CSD Python API: script書くことで自在な検索やワークフローを構築

CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の新シリーズ

★アップグレード契約でご利用いただけます.
SuperStar: 実験値に基づくタンパク質-リガンド相互作用を予測するためのツール
      (CSD-Discovery/CSD-Enterpriseに付属)
Solid Form Module: 類似水素結合様式やパッキングを抽出・解析するツール
          (CSD-Materials/CSD-Enterpriseに付属)

ConQuest
ConQuest は,ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-System) の検索用プログラムです.各種テキスト・数値検索の他,下記のような構造検索機能が備わっています.


ConQuest の特徴:

ConQuest1 ConQuest2

Mercury
Mercury は,結晶構造を表示するのに最適なソフトです.対称操作に基づき,簡単にパッキングが表示でき,分子間相互作用を表示することも可能です.CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています.機能を制限した version は,無料でお使いいただけます.

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です.ConQuest で 3D パラメータを定義すると,検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます.ヒストグラム,分布図,ポーラプロットを作成することができ,成分分析や相関解析を行うことができます.

Mercury

IsoStar
IsoStar は,実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値を含む).ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています.

IsoStar の特徴:

Isostar

Mogul
Mogul は,実験値に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです.CSD のデータを基に結合距離,結合角度,ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます.構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です.


PreQuest
PreQuest は,データ変換用プログラムです.お手持ちの結晶構造データを CIF, SHELX, SD-files, MOL2 など一般的なフォーマットから CSD の検索ソフトである ConQuest で検索可能なフォーマットへ変換します.


SuperStar
SuperStar は,リガンド分子がタンパク質のどの部位と相互作用を持つかを予測するプログラムです.IsoStar に含まれる Knowledge base の分子間相互作用の情報を利用しタンパク質結合サイトの相互作用マップを作成します.

SuperStar の特徴:


Solid Form Module
Solid Form Module の特徴:

Solid Form Module
マニュアルなど
CSDに関する資料を閲覧いただけます.
アカデミック利用の方へ

大学・教育機関向けには, CSD-Enterpriseとして大阪大学蛋白質研究所から配布しております.アカデミック・ライセンスについてのお問い合わせ,お申し込みは下記へお願いいたします.申込みの流れについては,こちら (PDF) をご参照ください.

〒565-0871
吹田市山田丘3-2
大阪大学蛋白質研究所
附属蛋白質解析先端研究センター
蛋白質データベース開発研究室系
中野 眞理子 様
TEL : 06-6879-4311
FAX : 06-6879-8636

(大阪大学蛋白質研究所)
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イベントのお知らせ

学会出展やイベント協賛のお知らせです.出展会場では,リーフレットの配布やデータベースのデモを行っておりますので,お気軽にお立ち寄りください.

【今後の予定】
未定