CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) 概要

概要・収録内容
CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の概要
The Cambridge Structural Database: CSD-System
製作 ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre : CCDC,英)
内容 化合物の名称・分子式,二次元構造図,結合表,三次元原子座標,結晶学データ,書誌事項,実験条件
件数 108 万件 (1965~) (2020 年 9 月現在)
更新 データ追加 6 万件/年 (前年比実績), 年3,4回追加データ・ソフトをダウンロード
頒布形態 ダウンロード(オプションでUSBメモリー)
使用可能機種 Windows 7 and 10 (Intel compatible, 64-bit)
(Windows 7 のサポートは 2020 年で終了予定)
Linux (Intel compatible, 64-bit)
   - RedHat Enterprise 7 and 8
   - CentOS 7 and 8
macOS (Intel compatible, 64-bit)
   - macOS 10.13, 10.14 and 10.15
ディスクスペース:17 GB
[なお,一部アプリケーションについては,上記以外の制限あり.詳細はお問い合わせください]
契約形態 年間定額
● 詳細はこちらをご覧ください.
CSD 2020.2の強化点 (2020年9月リリース)
機能紹介
CSD-System (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

(以下から構成されるパッケージとして提供)
ConQuest: CSD-System を検索・表示するためのソフト
Mercury: 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
IsoStar: Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul: Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
WebCSD: Web インターフェースで CSD のデータを簡易的に検索 (1D/2D検索のみ)
PreQuest: In-house database を CSD フォーマットに変換するためのソフトウエア (配布終了のため,個別にご相談ください)
CSD Python API: script を書くことで自在な検索やワークフローを構築
Pipeline Pilot Component: 1D/2D検索,部分構造検索,類似性検索ほか
KNIME Component: 1D/2D検索,部分構造検索,類似性検索ほか

ConQuest
ConQuest は,ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-System) の検索用プログラムです.各種テキスト・数値検索の他,下記のような構造検索機能が備わっています.


ConQuest の特徴:

ConQuest1  ConQuest2

Mercury
Mercury は,結晶構造を表示するのに最適なソフトです.対称操作に基づき,簡単にパッキングが表示でき,分子間相互作用を表示することも可能です.CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています.機能を制限した version は,無料でお使いいただけます.

Mercury1  Mercury2

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です.ConQuest で 3D パラメータを定義すると,検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます.ヒストグラム,分布図,ポーラプロットを作成することができ,成分分析や相関解析を行うことができます.

Mercury3
Mercury4

IsoStar
IsoStar は,実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値を含む).ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています.

IsoStar の特徴:

Isostar

Mogul
Mogul は,実験値に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです.CSD のデータを基に結合距離,結合角度,ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます.お手元の分子構造と Mogul ヒストグラムとの比較にとどまらず,構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です.Mogulは,CCP4 の Coot, Global Phasing の Grade, BioSolveIT の TorsionAnalyzer,リガクの PDXL 等リンクしてお使いいただけます.

Mogul の特徴:

Mogul1  Mogul2

WebCSD
WebCSD は,on-line ポータルとして web ブラウザーからプラットフォームを選ばずに手軽に CSD のデータにアクセスするためのツールです.テキスト検索,2D 構造式からの検索が可能です.ConQuest よりもデータ更新が早く,また計算で求められた結晶構造も non-CSD Structure として収録されています.

WebCSD1  WebCSD2

マニュアルなど
CSDに関する資料を閲覧いただけます.
アカデミック利用の方へ

大学・教育機関向けには, CSD-Enterpriseとして大阪大学蛋白質研究所から配布しております.アカデミック・ライセンスについてのお問い合わせ,お申し込みは下記へお願いいたします.申込みの流れについては,こちら (PDF) をご参照ください.

冨田 里江 (8:30-17:15 勤務)
大阪大学蛋白質研究所
蛋白質結晶学研究室
〒565-0871
吹田市山田丘3番2号
TEL : 06-6879-8605
FAX : 06-6879-8606

(大阪大学蛋白質研究所)
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イベントのお知らせ

学会出展やイベント協賛のお知らせです.出展会場では,リーフレットの配布やデータベースのデモを行っておりますので,お気軽にお立ち寄りください.

【今後の予定】
なし