GOLD (タンパク質-リガンド・ドッキングソフト) 概要
概要・収録内容
GOLD (タンパク質-リガンド・ドッキングソフト) の概要
Genetic Optimisation for Ligand Docking :製作 | ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre: CCDC) ,Sheffield 大学および GlaxoSmithKline 社 (英) |
頒布形態 | ダウンロード (オプションでUSBメモリー) |
使用可能機種 | Windows 10 (Intel compatible, 64-bit) Linux (Intel compatible, 64-bit) - RedHat Enterprise 7.6 or higher and 8 - CentOS 7.6 or higher and 8 macOS (Intel compatible, 64-bit) - macOS 10.14 and 10.15 |
契約形態 | CSD-Discovery および CSD-Enterprise に付属します. |
● 詳細はこちらをご覧ください.
機能紹介
バーチャルスクリーニング,リード最適化,活性分子の結合モードの同定にご活用いただけます.CSD の実測データを使ったパラメータを使っており,望ましくないリガンド配座を排除することで,Asetx Diverse セット (85) を使った検証では,81% が RMDS < 2.0 Å に収まっています.
- 遺伝的アルゴリズム法を採用
- 幅広いスコア関数:GoldScore, ChemScore, Astex Statistical Potential, CHEMPLP およびユーザが定義したもの
- アンサンブルドッキングに対応
- クラスターマシンにも対応
- ワークフロー対応 (CSD Python API, KNIME Component)
マニュアルなど
GOLD の資料を閲覧いただけます.
- CSD パッケージソフト資料一覧
- CCDC の提供する documentation (pdf,英文)
アカデミック利用の方へ
大学・教育機関向けには, CSD-Enterpriseとして大阪大学蛋白質研究所から配布しております.アカデミック・ライセンスについてのお問い合わせ,お申し込みは下記へお願いいたします.申込みの流れについては,こちら (PDF) をご参照ください.
冨田 里江 (8:30-17:15 勤務)
大阪大学蛋白質研究所
蛋白質結晶学研究室
〒565-0871
吹田市山田丘3番2号
TEL : 06-6879-8605
FAX : 06-6879-8606
イベントのお知らせ
学会出展やイベント協賛のお知らせです.出展会場では,リーフレットの配布やデータベースのデモを行っておりますので,お気軽にお立ち寄りください.
【今後の予定】
なし- CCDCでは,定期的にwebinarを開催しております.内容は,ソフトの活用法,新機能の紹介,開発計画など.無料で参加でき,また録画版もご覧いただけます.詳細はこちら.