GOLD (タンパク質－リガンド・ドッキングソフト) 概要
概要・収録内容
GOLD (タンパク質－リガンド・ドッキングソフト) の概要
Genetic Optimisation for Ligand Docking :| 製作 | ケンブリッジ結晶学データセンター (The Cambridge Crystallographic Data Centre: CCDC) ，Sheffield 大学および GlaxoSmithKline 社 (英) |
| 頒布形態 | ダウンロード (オプションでUSBメモリー) |
| 使用可能機種 | Windows 10 (Intel compatible, 64-bit) Linux (Intel compatible, 64-bit) - RedHat Enterprise 7.6 or higher and 8 - CentOS 7.6 or higher and 8 macOS (Intel compatible, 64-bit) - macOS 10.14 and 10.15 |
| 契約形態 | CSD-Discovery および CSD-Enterprise に付属します． |
● 詳細はこちらをご覧ください．
機能紹介
バーチャルスクリーニング，リード最適化，活性分子の結合モードの同定にご活用いただけます．CSD の実測データを使ったパラメータを使っており，望ましくないリガンド配座を排除することで，Asetx Diverse セット (85) を使った検証では，81% が RMDS < 2.0 Å に収まっています．
- 遺伝的アルゴリズム法を採用
- 幅広いスコア関数：GoldScore, ChemScore, Astex Statistical Potential, CHEMPLP およびユーザが定義したもの
- アンサンブルドッキングに対応
- クラスターマシンにも対応
- ワークフロー対応 (CSD Python API, KNIME Component)
マニュアルなど
GOLD の資料を閲覧いただけます.
- CSD パッケージソフト資料一覧
- CCDC の提供する documentation (pdf，英文)
アカデミック利用の方へ
大学・教育機関向けには， CSD-Enterpriseとして大阪大学蛋白質研究所から配布しております．アカデミック・ライセンスについてのお問い合わせ，お申し込みは下記へお願いいたします．申込みの流れについては，こちら (PDF) をご参照ください．
冨田 里江 (8:30-17:15 勤務)
大阪大学蛋白質研究所
蛋白質結晶学研究室
〒565-0871
吹田市山田丘3番2号
TEL ： 06-6879-8605
FAX ： 06-6879-8606
イベントのお知らせ
学会出展やイベント協賛のお知らせです．出展会場では，リーフレットの配布やデータベースのデモを行っておりますので，お気軽にお立ち寄りください．
【今後の予定】
なし- CCDCでは，定期的にwebinarを開催しております．内容は，ソフトの活用法，新機能の紹介，開発計画など．無料で参加でき，また録画版もご覧いただけます．詳細はこちら．