CSD-Discovery
創薬研究者向けに新しい分子を発見するために必要なツールをパッケージ化
CSD-Discoveryは、リガンドの探索から最適化ステージの分子設計に至るまで、新薬候補物質の創出に役立つ様々なソフトウェアを提供します。
CSD-Discoveryをご契約いただくと、ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)内のデータへの完全アクセスおよびCSD-Coreで利用できる重要な検索、可視化、解析機能もご利用いただけます。(CSD-Enterpriseをご契約いただくとCSD-Discoveryも含まれます)
CSD-Discovery付属ツール
TARGET SELECTION
Protein-Ligand Search
Macromolecule Hubを用いた2Dおよび3D検索、CSD-CrossMinerを用いたファーマコフォア検索により、リガンドおよびリガンド結合サイトに対する理解を深めることができます。
Hotspot Identification
SuperStarを用いて、リガンド結合サイトのホットスポットを可視化することができます。
HIT IDENTIFICATION
SBVS (Structure-Based Virtual Screening)
タンパク質-リガンドドッキングソフトウェアGOLDを用いたバーチャルスクリーニングにより、ヒット化合物を効率的に探索することが可能になります。
LBVS (Ligand-Based Virtual Screening)
標的タンパク質の３次元構造が不明な場合は、リガンドベースのアプローチが有効です。CSD-DiscoveryはLBVSを可能にする以下のツールを提供します。
- Step 1. CSD-Conformer Generator: CSD データに基づいて多様なコンフォーマーを生成
- Step 2. CSD Ligand Overlay: flexibleなリガンドのセットを重ね合わせ、ファーマコフォアクエリを作成
- Step 3. CSD Ligand Screener: 得られたファーマコフォアクエリに対し、化合物ライブラリをスクリーニング
HIT TO LEAD / LEAD OPTIMIZATION
Scaffold Hopping / Bioisosteric Replacement
CSD-CrossMinerを用いたファーマコフォア検索により、代替骨格やバイオアイソスターのアイディアが得られます。
Optimise Protein-Ligand Interaction
GOLDを用いた分子ドッキングにより、化合物デザインの精度を高めることができます。
Full Interaction Mapsを用いて、リガンド表面の相互作用領域を可視化し、リガンド結合サイトと比較することで、親和性増強のアイディアが得られます。
Visualization and Hub
Hermesは生体高分子の構造を可視化し、詳細な解析を行うためのソフトウェアです。CSD-Discoveryの多くの機能は、Hermesから起動します。
機能一覧（企業向け）はこちら。
創薬研究におけるCCDC製品の活用事例はこちら。
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