化学情報協会

結晶構造データベース・化合物辞典

CSD機能紹介

CSD-Core (ケンブリッジ結晶構造データベース) の構成

以下から構成されるパッケージとして提供

ConQuest CSD-Core を検索・表示するためのソフト
Mercury 結晶構造表示およびジオメトリーを始めとする検索結果を統計処理するソフト
Hermes 生体高分子の結晶構造表示ソフト
IsoStar Knowledge base の分子間相互作用のデータベース
Mogul Knowledge base の分子内ジオメトリーのデータベース
WebCSD Web インターフェースで CSD のデータを簡易的に検索 (1D/2D検索のみ)
CSD-Editor In-house database を CSD フォーマットに変換するためのソフトウエア
(オプションですので個別にご相談ください)
CSD Python API

script を書くことで自在な検索やワークフローを構築

Pipeline Pilot Component 1D/2D検索、部分構造検索、類似性検索ほか
KNIME Component 1D/2D検索、部分構造検索、類似性検索ほか

 

ConQuest

ConQuest は、ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-Core) の検索用プログラムです。各種テキスト・数値検索の他、下記のような構造検索機能が備わっています。

  • 部分構造検索
  • 分子内ジオメトリー情報による検索
  • 分子間非結合接触の検索
  • Pharmacophore 検索

ConQuest の特徴

  • 使い易い化学構造作図機能および幾何学的パラメータの定義機能
  • 検索質問式の簡単な組み立て機能
  • 検索実行中も可能な、検索結果の会話型ブラウジング
  • 各種の出力ファイル形式 (CIF, PDB, SDF, MOL2, SHELX等)

Mercury

Mercury は、結晶構造を表示するのに最適なソフトです。対称操作に基づき、簡単にパッキングが表示でき、分子間相互作用を表示することも可能です。CIF, PDB, MOL2, MOL file といった一般的なフォーマットに対応しています。機能を制限した version は、無料でお使いいただけます。

Mercury の拡張機能として統計解析も可能です。ConQuest で 3D パラメータを定義すると、検索時に該当するジオメトリー検索が Mercury に読み込まれます。ヒストグラム、分布図、ポーラプロットを作成することができ、成分分析や相関解析を行うことができます。

Hermes

Hermes は、蛋白質などの生体高分子の立体構造を可視化・解析するソフトです。結晶構造に基づく原子位置を表示し、蛋白質の結合部位の理解に役立ちます。

Hermes の特徴

  • 読み込み可能ファイル:PDB file, mol2, mol, contoured surface .acnt.
  • リボン、wireframe, spacefilling表示への自由に切り替え
  • ドッキング結果の解析に最適
  • リガンド分子の編集
  • 印刷用高解像度のイメージ作成
  • その他、CSD-Discoveryのプラットフォームとしても利用

IsoStar

IsoStar は、実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値を含む)。ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています。

IsoStar の特徴

  • CSD と PDB から抽出される非結合接触情報
  • 接触グループ、中心グループを選ぶためのウェブブラウザによるフロントエンド
  • 分散プロットを瞬時に表示
  • ユーザーの定義したレベルによる等密度線表示
  • CSD および PDB の元データへのハイパーリンク

Mogul

Mogul は、実験値に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです。CSD のデータを基に結合距離、結合角度、ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます。お手元の分子構造と Mogul ヒストグラムとの比較にとどまらず、構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です。Mogulは、CCP4 の Coot、 Global Phasing の Grade、 BioSolveIT の TorsionAnalyzer、リガクの PDXL 等リンクしてお使いいただけます。

Mogul の特徴

  • 実測データに基づく、ヒストグラムの素早い表示
  • 多様な読み込みファイル (MOL2. CIF, PDB, RES)
  • コマンドラインを使った batch モード対応も可能

WebCSD

WebCSD は、on-line ポータルとして web ブラウザーからプラットフォームを選ばずに手軽に CSD のデータにアクセスするためのツールです。テキスト検索、2D 構造式からの検索が可能です。ConQuest よりもデータ更新が早く、また計算で求められた結晶構造も non-CSD Structure として収録されています。

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