GOLD
タンパク質-リガンドドッキングソフト
GOLD は、遺伝的アルゴリズムに基づいた、タンパク質-リガンドドッキングソフトウェアです。リガンドおよびタンパク質の一部に分子の形の変化を取り込んでいます。 IsoStar から得られる、水素結合の構造についての実験的情報を取り入れたエネルギー関数を使用しています。 CSD からのねじれ角の分布データも利用しています。リガンドの結合予測精度が高く、創薬研究者に定評のあるドッキングプログラムです。
CSD-Discovery および CSD-Enterprise に付属しています。
CSD-Coreへのオプションとしてもご契約いただけます。
通常のご契約では 100 node までご利用が可能です。これを上回るnode数やクラウド上での利用をご希望の場合、また、バーチャルスクリーニングのために大規模計算(HPC)が必要な場合は、Ultra Large Dockingオプションを追加でご契約いただく必要がございます。
機能紹介
バーチャルスクリーニング、リード最適化、活性分子の結合モードの同定にご活用いただけます。CSD の実測データを使ったパラメータを使っており、望ましくないリガンド配座を排除することで、Astex Diverse セット (85) を使った検証では、81% が RMSD< 2.0 Å に収まっています。その他、詳細はこちら。
- 遺伝的アルゴリズム法を採用
- 幅広いスコア関数：GoldScore, ChemScore, Astex Statistical Potential, CHEMPLP およびユーザが定義したもの
- アンサンブルドッキングに対応
- クラスターマシンにも対応
- ワークフロー対応 (CSD Python API, KNIME Component)
GOLDは、どのような場面で用いられますか？
高い予測精度を誇るGOLDは、創薬研究において以下のような場面に用いられています。
紹介動画