化学情報協会

結晶構造データベース・化合物辞典

CSD-Discovery

創薬研究者向けの新しい分子を発見するために必要なツールをパッケージ化

CSD-Discoveryでは、CSDのデータを基にしたknowledgeベースとした配座発生からタンパク質-リガンド複合体の検索・解析まで、創薬分野における科学的アプリケーションをカバーするソフトウェアとデータベースを提供します。

CSD-Discoveryをご契約いただくと、ケンブリッジ構造構造データベース(CSD)内のデータへの完全アクセスおよびCSD-Coreで利用できる重要な検索、可視化、解析機能もご利用いただけます。(CSD-Enterpriseをご契約いただくとCSD-Discoveryも含まれます)

CSD-Discovery付属ツール

Docking

GOLDを用いた蛋白質とリガンドのドッキングやバーチャルスクリーニングを行うことができます。

Geometric validation

  • Protein Data Bankでも実施されているCSDルーチンを使用して、受容体結合リガンドの形状を検証します。
  • リガンドのジオメトリーをMogulにより予測することにより、リガンドの設計をお手伝いします。
  • CSDで検証済み実験データを基にConformer Generatorにより直接コンフォーマーを生成します。

Interactions

Full Interaction MapsSuperStarにより、蛋白質とリガンドの相互作用を解析、予測、理解することができます。

Virtual Screening

KnowledgeベースのVirtural Screeningワークフローを使って、蛋白質リガンドドッキングまたはリガンドベースのアプローチにより新しいヒット化合物を見つけることができます。

Access

CSD Python API Forumからのダウンロード、またはご自身でCSD-driven分析やワークフローを構築が可能です。CSD Python APIは、MercuryまたはHermesの独自のメニューから起動することも可能です。

Data mining

CSD-CrossMinerでは、CSDとPDBに共通の相互作用パターンを検索することができます。
 

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科学データ情報室

TEL 03-5978-3622
FAX 03-5978-3600

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