CSD-Discovery
創薬研究者向けの新しい分子を発見するために必要なツールをパッケージ化
CSD-Discoveryでは、CSDのデータを基にしたknowledgeベースとした配座発生からタンパク質-リガンド複合体の検索・解析まで、創薬分野における科学的アプリケーションをカバーするソフトウェアとデータベースを提供します。
CSD-Discoveryをご契約いただくと、ケンブリッジ構造構造データベース(CSD)内のデータへの完全アクセスおよびCSD-Coreで利用できる重要な検索、可視化、解析機能もご利用いただけます。(CSD-Enterpriseをご契約いただくとCSD-Discoveryも含まれます)
CSD-Discovery付属ツール
Docking
GOLDを用いた蛋白質とリガンドのドッキングやバーチャルスクリーニングを行うことができます。
Geometric validation
- Protein Data Bankでも実施されているCSDルーチンを使用して、受容体結合リガンドの形状を検証します。
- リガンドのジオメトリーをMogulにより予測することにより、リガンドの設計をお手伝いします。
- CSDで検証済み実験データを基にConformer Generatorにより直接コンフォーマーを生成します。
Interactions
Full Interaction MapsとSuperStarにより、蛋白質とリガンドの相互作用を解析、予測、理解することができます。
Virtual Screening
KnowledgeベースのVirtural Screeningワークフローを使って、蛋白質リガンドドッキングまたはリガンドベースのアプローチにより新しいヒット化合物を見つけることができます。
Access
CSD Python API Forumからのダウンロード、またはご自身でCSD-driven分析やワークフローを構築が可能です。CSD Python APIは、MercuryまたはHermesの独自のメニューから起動することも可能です。
Data mining
CSD-CrossMinerでは、CSDとPDBに共通の相互作用パターンを検索することができます。
紹介スライド
