CSD-CrossMiner
ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)とProtein Data Bank (PDB)のファーマコフォア検索ソフト
CSD-CrossMinerは、CSDに登録されている有機分子とPDBに登録されているタンパク質-リガンド複合体を、単一のファーマコフォアクエリを用いて同時に検索することが可能なソフトウェアです。
医薬品候補化合物の代替骨格の探索や標的タンパクの同定に利用できます。
CSD-Discovery および CSD-Enterprise に付属しています。
CSD-CrossMinerは、2016年にRoche社とCCDCが共同で開発し、現在では世界中の創薬研究者に使用されています。
機能紹介
ファーマコフォアクエリの簡便な作成と編集
3次元表示された化合物上にファーマコフォアポイントを設定することで簡便にクエリを作成することができます。
設定したファーマコフォアポイントは3Dビューアー上で操作可能なため簡便且つ直感的なクエリの編集が行えます。
データベースの拡張
世界的に有名な2つのデータベース(CSDおよびPDB)に加え、ユーザが所有する in-house のデータセットも同時に検索可能です。
検索結果を視覚的にわかりやすく表示
検索結果はTanimoto係数に基づいてクラスタリングされます。また、 3Dビューアー上にもクラスターごとに色分けされて表示されます。
ワークフローのカスタマイズ
CSD Python APIを通じて全ての機能にアクセス可能なため、ファーマコフォア検索を他のワークフローにシームレスに統合することができます。
CSD Python API の技術ドキュメントは、こちら
CCDCのサイトは、こちらから。
CSD-CrossMinerは、どのような場面で用いられますか？
CSD-CrossMinerは、3Dファーマコフォアクエリを構築し、CSD、PDB、およびin-houseの構造データベースを検索することにより、以下を可能にします。
紹介動画