蛋白研/JAICI合同 CSD利用セミナー2025

プログラム

講演資料

はじめに：栗栖 源嗣 (大阪大学 蛋白質研究所)

Q&A

Q1：enCIFerでcif編集する際に、shelxtで構造解析した場合には、_atom_sites_solution_primaryには何と書いたらよいでしょうか。

A1：Dualがよいです。［講演後に訂正］

 

Q2：同じ分子の結晶多形をConQuestで検索することはできますか？

A2：できます。2D構造を作図し、検索すると、多形があった場合、複数ヒットします。その際、共結晶や溶媒が入った構造も同時にヒットします(異なるRefcode)。ヒットした構造のRefcodeをみて、例えば、Axxxxx01,Axxxxx02のようにSuffixがついているものが、同じ分子からなる結晶構造です。注意点として、測定条件が少しでも異なるものも別の構造としているので、空間群等を確認し、結晶多形かどうか(違う分子配座やパッキングの構造なのか)確認してください。

 

Q3：CSD-MaterialsのCo-crystal ScreeningでCoformer libraryは、デフォルトで入っているもの以外でも選択できるのでしょうか。

A3：mol fileで準備できれば、任意のlibraryを利用することが可能です。注意点として、「分子サイズ(配座の違いによる)」が加味されるので、coformerのconformationを複数準備しておいた方がよいです。

 

Q4：GOLDは、生体高分子のキャビティーへの低分子のドッキングプログラムですが、MOFの空孔にゲスト分子がどのように入るかを予測するのに使えますか？

A4：GOLDが想定しているキャビティーとMOFの空孔のサイズがだいぶ違うので難しいと思います。

 

Q5：有料サービスの購入情報について教えてください。

A5：アカデミックライセンスについては、蛋白質研究所までお問い合わせください。

　　価格情報やご注文は、こちら。

　　営利目的のご利用の場合、化学情報協会までお問い合わせください。

 

Q6：GOLDでUltra large screeningを実行することを検討しています。

A6：通常のGOLDの契約に加え、Ultra Large Dockingの追加契約が必要になります。
アカデミックの場合、キャンパスライセンス(無制限)の契約が必要です。［9/1に訂正］

詳細については、契約窓口までご相談ください。

実行に関する情報は、こちらをご覧ください。

　　15.5 Running GOLD in Parallel

　　CSD-Discovery/GOLD Cluster Package/GOLD Cluster Computing 2022.1 User Guide
　　Parallelization methods for CCDC's GOLD : CCDC Home​

 

Q7：各機能を利用した具体的な研究事例(論文)をご紹介いただけますか。

A7：CCDCのwebsiteのCase StudyやWhite Paperが参考になると思います。
　　Step-by-stepで使い方が知りたい場合は、Self-Guided Workshopをご覧ください。

 

Q8：実習付き(ハンズオン)のセミナーは開催しないのですか。具体的な操作が知りたいです。

A8：未定です。以前、実施したことがありますが、以下の問題点がありました。

• 利用するPCのスペックにより、検索にかかる時間が異なり、同時に進行するのが難しかった。
• 対面形式の場合、講師の先生の操作を見ながら、手元のPCで操作できるが、オンラインの場合、画面が小さくモニター2台体制でないと難しい。

具体的な操作は、CCDCのwebsiteのTraining and Learningのworkbookやデモビデオをご参照ください。各アプリケーションのHelp file中にTutorialもありますので、ご活用ください。

 

★企業向けには、化学情報協会までご相談ください。

 

Q9：CSD Python APIについて知りたいです。

A9：Python scriptをご自身で書き、CSDのデータへアクセスし、様々な機能を実行することができます。​

ワークフローへの取り込みや機械学習の観点から開発した機能です。​

CSDをご契約の場合、ご契約された各パッケージに合わせたCSD Python APIの機能をご利用いただけます。​

詳細については、こちらをご覧ください。​

　　Programmatically Access Crystal Structure Data | CCDC​

　　Computational Chemistry Training Modules | CCDC​

　　CSD-Core Workshops | CCDC​

　　Download scripts for the CSD Python API from the CSD GitHub repository | CCDC