PATGENE (旧 PCTGEN) ファイル - リロード

PATGENE (旧 PCTGEN) ファイルは、世界知的所有権機関 (WIPO) に電子的に提出された核酸・タンパク質の配列およびその書誌情報を収録するデータベースです。

このたび、当ファイルがリロードされ、ファイル名が PCTGEN から PATGENE に変わりました。
リロードに伴う主な変更点は以下の通りです。

BLAST ホモロジー検索関連の強化

• 最新版の BLAST プログラム (version 2.12.0) が利用できるようになりました。
• 従来の 3 つの検索タイプ (/SQN, /SQP, /TSQN) に加え、下記の 4 つの検索タイプが利用できるようになりました。

GETSIM プログラムのバージョンアップ

• 最新版の GETSIM プログラム (version 36.3.8ｈ) が利用できるようになりました。
• 検索速度が大幅に改善されました。

ホモロジー検索 (BLAST, GETSIM) ワークフローの変更

• BLAST および GETSIM ホモロジー検索時に表示される回答数とスコアのグラフが下記のように変更されました。

:
ENTER EITHER THE NUMBER OF ANSWERS YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :ALL 　← 回答全件

L4    RUN STATEMENT CREATED
L4        1162 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
 :

ENTER EITHER THE NUMBER OF ANSWERS YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :80%  ←スコア値/最高スコア値が 80% 以上の回答のみ

L5    RUN STATEMENT CREATED
L5        100 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
 :

ENTER EITHER THE NUMBER OF ANSWERS YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :END   ← 終了する場合は END と入力

• 回答上限数の増加および回答上限数を設定する検索パラメータの追加

BLAST, GETSIM の回答数の上限が以前は 1 万件でしたが、最大 10 万件に増加しました。

- 回答数の上限は、デフォルトでは 15,000 件です。
- "-MAXSEQ" パラメータで回答数の上限を変更できます。
- 回答数の上限を大きくするとパフォーマンスは低下します。

<入力例> 回答上限を 10 万件に変更する場合
=> RUN BLAST L1/SQN -F F -MAXSEQ 100000

完全配列検索・部分配列検索 (RUN GETSEQ) 関連の強化

• 回答数が多い場合に以前は 25,000 件ごとに L番号が分かれて作成されていましたが、1 つの L 番号にまとまるようになりました。
•  回答数の上限 (25 万件) に変更はありません。

ALIGNG表示形式の追加

BLAST, GETSIM ホモロジー検索および完全配列、部分配列検索についてアライメントデータを図として表示する ALIGNG 表示形式が追加されました。
表示される内容は ALIGN 表示形式と同じです。