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SciFinderⁿ - CDR 配列検索および Motif 配列検索機能の搭載、BLAST 配列検索結果のダウンロードが可能に

2021年3月3日(水)

SciFinderⁿ

SciFinderⁿ は、研究者が必要とする科学情報を、高度な検索エンジンとシンプルで使いやすいインターフェースより、最短ステップでご提供する検索ツールです。

2021 年 1 月 25 日のニュースで、BLAST 配列検索機能の搭載をご紹介しましたが、さらに CDR 配列検索機能と Motif 配列検索機能が利用できるようになりました。

  • CDR 配列検索 - 抗体や T 細胞受容体の CDR を指定して検索するプログラム
  • Motif 配列検索 - DNA, RNA, タンパク質中の短いパターン配列を検索するプログラム
CDR 配列検索

Biosequences で CDR タブを開きます。
最大 3 つの CDR 配列を検索式として入力することができます。検索に用いる配列は FASTA ファイルをアップロードしてインポートすることも可能です。

検索結果としてアライメント、全配列、配列の出典 (特許) が表示されます。
また、検索結果には CDR に関するベン図が表示され、図中の特定のエリアの回答に絞り込むことができます。

例 : CDR1, CDR2, CDR3 を含む配列に限定する

Motif 配列検索

Biosequences で Motif タブを開きます。
Motif 検索では、配列質問式にギャップ記号や特殊記号を用いることにより、ギャップの存在や代替残基、繰り返し等を含めた配列検索を行うことができます。

検索結果画面では複数のパターンの配列の結果が示されます。
デフォルトでは Sequence 1の情報が表示されています。他の配列パターンに変更するには、Seq 1 の右側にあるプルダウンから配列を選択します。
検索結果としてアライメント、全配列、配列の出典 (特許) が表示されます。

CDR, Motif 配列検索の結果については、BLAST 配列検索と同様に Bioscape (配列類似性と特許のビジュアル化) を利用できます。
CDR, Motif 配列検索の詳細については、SciFinderⁿ Help の Find Biosequenes および What's New の March 2, 2021 の内容をご覧ください。

BLAST 配列検索の結果をダウンロード可能に

BLAST 検索の結果を最大 100 件まで Excel (.xlsx) 形式でダウンロードできるようになりました。
Excel には、Alignment Image, Alignment Text, Sequence Length, CAS RN®, Number of Patents, Patent No. Sequence ID, E-Value, BLAST Score, Matches, Mismatches, Alignment Identity 情報が含まれます。